ネットショップ運営代行おすすめ会社15選！成果報酬型や費用相場を解説【2025年最新版】

出典：株式会社ネイビーグループ https://navygroup.co.jp/

こんな人におすすめ ・大手企業とも取引がある大手のネットショップ運営代行会社をご希望の方
・実績豊富な会社にネットショップやオンラインショップの運営を相談したい方
・越境ECもご検討中の方

ネイビーグループは、EC支援サービスやデジタルマーケティング、越境EC、ロジスティクス総合サポート等を提供する会社です。EC支援サービスでは、累計2,200社以上をサポート、サービス継続率は驚異の100％を誇ります。Canonやサントリーなどの大手企業との取引も多く、多様な業界から信頼を得る実績豊富な会社です。
ECコンサルティング･ネットショップ運営代行サービスでは、3つのプランを用意。対応可能なEC事業支援サービスのチャネルは9種類で、自社サイトから楽天やAmazonのほか、Q10やpaypayモール、越境ECなどにも対応が可能です。

≪公式HP≫https://navyconsulting.jp/

出典：株式会社ユーコンスカイ https://www.yukon-sky.jp/

こんな人におすすめ ・ネットショップ運営やECサイト運営を熟知した会社をお探しの方
・売上拡大に自信のある企業にネットショップ運営代行を依頼したい方
・カスタマーサービスや倉庫業務までまとめて相談したい方

ユーコンスカイは、EC直営販売やD2C運営代行などの事業を展開する会社です。自社運営のEC店舗は、年商40億円を記録。自社サイトの運営で培った豊富なノウハウを活かし、D2C運営代行サービス（ネットショップ運営代行）を提供しています。
D2C運営代行では、モール出店からサービスの提案、マーケティング、サイトの構築・運用までサポート。カスタマーサービスや倉庫業務まで含めた全ての工程を任せることが可能です。圧倒的スピードと低コストを強みに売り上げの拡大を全面バックアップしてくれます。

≪公式HP≫  https://www.yukon-sky.jp/

出典：株式会社インサイトアイズ https://insighteyes.co.jp/

こんな人におすすめ ・Amazonの運営代行を依頼したい方
・Amazonの仕組みやSEOを熟知した会社にネットショップ運営を任せたい方
・十分な分析や下準備を基にページ制作を行いたい方

インサイトアイズは、Amazonに特化したネットショップ運営支援やコンサルティングサービスを提供する会社です。市場分析からクリエイティブ制作、SEO対策、広告運用、セール対応やプロモーション対応まで、ネットショップ運営にまつわる業務を一挙に任せることができます。
特に戦略策定に強みを持っており、「勝てる」戦略に注力しているのが特徴。十分な調査・分析を通し、KPIやアクションプランを設定します。ページ制作では、ブランドストア・ブランドストーリーの構築や消費者分析を通して顧客に「刺さる」デザインを制作。これまでに、多くの企業が売り上げの大幅なアップや利益率アップを実感しています。

≪公式HP≫https://insighteyes.co.jp/

出典：株式会社YUGETA ECコンサルティング https://www.ecconsulting.tokyo/

こんな人におすすめ ・高評価を得ているネットショップ運営代行会社をお探しの方
・経験豊富な担当者に自社のネットショップ運営を任せたい方
・費用も含めてじっくり相談したい方

YUGETA ECコンサルティングは、ECコンサルティングとネットショップの運営代行をメイン事業として行う会社です。楽天、Yahooショッピング、amazonのほか、自社ECサイトのコンサルティングと運営代行に対応。豊富な実績と経験を持つメンバーが「EC 勝利の方程式」を掲げ、クライアントのネットショップをバックアップしてくれます。楽天が選ぶ「楽天ショップ・オブ・ザ・イヤー」をのべ15回獲得するなど、実力も十分です。
また、契約料金は企業ごとの事情や希望に合わせ、クライアント側が決めるというスタイルも特徴的です。

≪公式HP≫https://www.ecconsulting.tokyo/

出典：株式会社アプロ総研 https://www.apro-soken.co.jp/

こんな人におすすめ ・Shopifyか楽天へのネットショップ出店をご検討中の方
・明朗会計で信頼がおける会社にネットショップ運営代行を依頼したい方
・契約金や初期費用0円（無料）の代行会社をお探しの方

アプロ総研は、大阪と東京に拠点を持つECサイト・ネットショップ運営代行会社です。Shopify、楽天、フューチャーショップの構築・運営代行を提供。Shopifyでは100社以上のサイト構築実績、楽天では構築店舗数200店以上の実績を持ちます。
楽天の運営代行サービスは「らくらく運用プランα」と「オーダーメイド」の2種類を用意。「らくらく運用プランα」は、 契約金・初期費用が無料で、月額11万円（税抜）から依頼が可能。ページ更新やイベント対応、メール対応など基本的なネットショップ運営を任せることができます。また、オプションも豊富なため、必要な時に必要な分だけ業務を追加依頼することも可能です。

≪公式HP≫https://www.apro-soken.co.jp/

出典：株式会社ネットショップ総研 https://netshop-soken.co.jp/

こんな人におすすめ ・ネットショップの売上向上に強い会社に運営代行を任せたい方
・受賞歴や認定を受けている信頼のおける企業に相談したい方
・食品や美用商材のECに強いネットショップ運営代行会社をご希望の方

ネットショップ総研は、ネットショップ運営代行やECコンサルティングを提供する専門企業です。顧客の売上向上を目指し、豊富な販売データや独自の分析手法を用いて、戦略的なサポートを行っています。楽天MVP受賞歴やYahoo!のコマースパートナーエキスパートの認定も受けている信頼性の高い企業です。
前年比130%以上の売上をクライアントの「成功」と定義し、サービスを提供。成功率は87%と高い水準を誇っています。特に食品・美容健康商材に強みを持ち、薬事チェックや臨床試験のアドバイス、法改正にあわせたリーガルチェックなどにも対応しています。

≪公式HP≫https://netshop-soken.co.jp/

出典：NE株式会社 https://ne-inc.jp/

こんな人におすすめ ・楽天やAmazon、自社サイトなどさまなまな媒体でネットショップを運営したい方
・ネットショップ運営に合わせAmazon広告などの広告運用代行も検討中の方
・ECサポートが細分化されているサービスをお探しの方

 NEは、ネットショップに関する複数のサービスを運営。ECコンサルティングをはじめ、ネットショップを一元管理できる「ネクストエンジン」、地方創生・自治体支援を目的としたふるさと納税業務支援の「ロカルコ」など、それぞれが人気を博しています。
顧客の「勝つストーリー」を描き出し、ECサイトの売上増加を目指す戦略的なサービスを提供。新たなECサイトやモールへの出店支援から、ECコンサルや商品登録代行サービス、受注処理・カスタマー代行サービス、顧客対応など幅広くサービスを提供。Amazon広告などの広告運用代行も依頼可能です。また格安な料金設定も魅力の一つ。月額6万円からECコンサルティングを依頼できます。

≪公式HP≫https://consulting.ne-inc.jp/

出典：株式会社いつも https://itsumo365.co.jp/

こんな人におすすめ ・大手や有名企業との取引実績が豊富な運営代行会社を希望の方
・成功事例を多数持つ会社にネットショップ運営を任せたい方
・ EC物流やバックヤード運営にも強いEC代行会社をお探しの方

いつもは、EC・D2C事業の総合支援を提供する企業です。中小から大手までのメーカーを対象に、EC戦略の立案からサイト構築、運営、デジタルマーケティング、フルフィルメントに至るまで、ECバリューチェーンの全てを一貫してサポート。これまでの契約件数は1万3,000 件以上と実績豊富な会社です。
ネットショップ運営では、Amazon、楽天市場、Yahoo!ショッピングなど、様々なプラットフォームに対応が可能。日用品や食品、コスメ、アパレル、ヘルスケアなど多様な業種で成果を上げており、昨対比150%や3年で月商が約3倍、出店から3ヵ月で月間MVP達成など、数多くの成功実績を上げています。

≪公式HP≫https://itsumo365.co.jp/

出典：株式会社メディアクリエイツ https://m-cre.co.jp/

こんな人におすすめ ・補助金・助成金の活用に精通した会社にネットショップについて相談したい方
・Webサイト制作に強い会社にネットショップ運営代行まで任せたい方
・特に楽天市場を熟知した運営代行会社に外注したい方

メディアクリエイツは、Webサイト制作やネットショップ構築、ネットショップ運営代行などを提供する企業です。2002年の設立より20年以上にわたりサービスを提供する実績豊富な会社です。
楽天市場、Yahoo!ショッピング、amazonのネットショップ構築から運営代行まで依頼が可能。特に楽天には10年以上にわたり自社でも出店しており、実践から得た知識やノウハウを活かした提案が可能です。また、ECや予約に関係する各種システム開発にも強みがあるほか、IT導入補助金2023年IT導入支援事業者にも選定されており、補助金・助成金の活用にも精通しています。

≪公式HP≫https://m-cre.co.jp/

出典：株式会社ファンクション https://fun-cushion.jp/

こんな人におすすめ ・実績豊富かつ成果を上げているネットショップ運営代行会社に外注したい方
・柔軟に対応してくれる運営代行会社をご希望の方
・広告戦略やイベント戦略に長けた会社に運営代行を相談したい方

ファンクションは、ECサイトの制作・運用代行を専門とする会社で、楽天市場やYahoo!ショッピングを中心にネットショップの運営サポートを行っています。2010年の創業以来、4,000社・4万件以上のサポート実績を持ち、そのうち92％のクライアントが売上アップを実現するなど、高い成果を上げています。
運用代行サービスでは、商品登録や商品ページ制作といった基本的な作業から、広告戦略、イベント戦略、SEO対策、リピート育成までを手厚くサポート可能。部分的に業務を依頼したい・1商品のみ任せたい・丸ごと業務を任せたいなど、さまざまなニーズに細かく対応してくれる柔軟さも大きな魅力の一つです。

≪公式HP≫https://fun-cushion.jp/

出典：株式会社idiom https://idiom-inc.co.jp/

こんな人におすすめ ・ECサイトの構築から依頼したい方
・Web制作や動画制作などに幅広く精通した会社に相談したい方
・成果報酬型のネットショップ運営代行会社に外注したい方

idiomは、EC運営代行をはじめ、ECサイトの構築・制作、Web制作、動画制作、ECコンサルティングなどのサービスを提供しています。設立より10年以上にわたりサービスを提供。取引先は100社以上、運営継続率は95%と、多くの企業から信頼を獲得しています。
EC支援サービスでは、運営代行サービスのほか、ECサイトの構築・制作、バックオフィス配送運営代行、ECコンサルティングを提供。EC運営代行は成果報酬型で、更新手数料も0円です。また、IT導入支援事業者にも認定されており、補助金・助成金にも精通するなど、さまざまなニーズに対応可能な会社です。

≪公式HP≫https://idiom-inc.co.jp/

出典：EC-Consulting Japan株式会社 https://ec-consultingjapan.co.jp/

こんな人におすすめ ・Yahoo!ショッピングに強い会社に運営代行を依頼したい方
・ECモールを熟知した会社にネットショップ運営を相談したい方
・成果報酬型のネットショップ運営代行会社に外注したい方  

EC-Consulting Japanは、大阪府に本社を置くECサイト支援の専門会社です。自社でもモール運営を行い、最新の情報やノウハウを提供しながら、Yahoo!ショッピングや楽天市場などのECモールに特化したサポートを提供。取引社数は500社以上、セミナー受講者8,000名以上の実績を持ちます。
ネットショップ関連サービスでは、アドバイザリー型、戦略立案型、運営代行型の3つの契約プランを用意しており、ネットショップの運営代行に対応する運営代行型契約は、成果報酬型を採用。成果報酬率3%で依頼ができます。Yahoo!ショッピング Best Store Awardsで2年連続受賞の実績を持つ信頼のおける会社です。

≪公式HP≫https://ec-consultingjapan.co.jp/

出典：GMOメイクショップ株式会社 https://www.makeshop.co.jp/

こんな人におすすめ ・最大手の企業にネットショップ運営代行を依頼したい方
・成果報酬型で無駄なコストを削減したい方
・多数の成功事例を持つ運営代行会社をご希望の方

GMOメイクショップは、ネットショップの運営代行を専門とする会社です。業界トップシェアを誇り、これまでに1万2,000店舗以上の導入実績を持ちます。ECサイトの販売戦略の構築から運営、物流、マーケティング、コンサルティングまでを一貫してサポートしています。
費用体系は、成果報酬型を採用しており、初期構築費用は無料（条件により異なる場合あり）、初年度18%～、2年目以降は15%～で設定されています。これまでに業務を請け負った企業では、221%の売上アップやSNS一投稿で売上 200万円獲得など、多くの成果を上げています。

≪公式HP≫https://www.fulloutsourcing.jp/

出典：醍醐倉庫株式会社 https://daigo-wh.co.jp/ec/

こんな人におすすめ ・成果報酬型のネットショップ代行サービスをご希望の方
・物流で信頼のある会社に販売代行を任せたい方
・プライバシーマークを取得するなど信頼性を重視して会社を選びたい方

醍醐倉庫は、物流アウトソーシングサービス全般を提供する企業です。中堅・中小企業向けに高品質な物流サービスを提供し、クライアントのニーズに合わせたコスト削減と業務効率化を実現しています。
ネット販売の代行サービス「売る倉庫」では、商品の写真撮影や販売ページの作成から、受注処理・販売、広告運用、アフターサポートまでを一括して対応可能。初期費用は473円～、月額275円～利用ができ、成果報酬型のため、無駄な費用を抑えることができます。また、SO9001認証やプライバシーマークを取得するなど、企業として信頼度が高い点も人気の理由です。

≪公式HP≫https://daigo-wh.co.jp/ec/

出典：シースリー株式会社 https://www.cthree.jp/

こんな人におすすめ ・成果報酬型のネットショップ運営代行をご希望の方
・ECサイトのシステム構築から運営代行までをまとめて相談したい方
・専任担当者に親身に相談に乗ってほしい方

シースリーは、ECコンサルタント事業とネットワーク構築事業等を提供する会社です。ECサイト運営支援サービスの「Vie」を提供。ECサイトの業務全般を一括で任せることができ、料金体系は完全成果報酬型です。
ECサイトのシステム構築からページの作成・更新、SEO・SEM対策までをまとめて依頼が可能。クライアントごとに専任の担当者が付き、業務範囲を割り振り、効率的に目標達成をサポートしてくれます。現状分析や市場調査を行い、マーケティング戦略に基づいた効果的な施策を策定可能なため、業務効率化だけでなく、売上アップにも期待が持てます。

≪公式HP≫https://www.cthree.jp/