システム開発にも対応可能なホームページ制作会社9選｜発注者アンケート掲載【2026年最新版】

企業サイトやサービスサイトでは、予約システムや会員機能、業務システムとの連携など、Webサイトとシステムを組み合わせた開発が求められるケースも増えています。そのため、デザインやサイト制作だけでなく、システム開発の技術力を持つ制作会社を選ぶことが重要です。

本記事では、システム開発に対応可能なホームページ制作会社9社をご紹介します。PRONIアイミツが保有する7万件以上の発注者実体験アンケート結果も参考情報として掲載しており、各社の評価や感想を確認しながら比較できます。ホームページ制作とあわせてシステム開発を依頼したい企業にとって、制作会社選びの判断材料として活用できる内容です。

まずは、システム開発に強く実績が豊富なホームページ制作会社5社ご紹介します。会社によって、得意分野が異なるため、実績豊富な会社のなかで自社が開発したいシステムと同種のシステムの開発実績がある会社に依頼しましょう。

次に、システム開発やアプリ開発に強いホームページ制作会社4社をご紹介します。ホームページ制作とあわせてWebシステムやアプリ開発などの依頼をしたい場合に、システム開発・アプリ開発にも強い制作会社は心強い味方となります。

ここからは、ホームページ制作会社選びで失敗しないためのポイントを3点ご紹介します。

まずは、自社でホームページ制作会社に依頼する業務をを明確にしましょう。それは、ホームページ制作会社によって、できることできないことが違うからです。
たとえば、一般的なホームページ制作会社の中には、業務システムの開発に対応していない会社も少なくありません。ホームページとあわせて業務システム開発を依頼したいのであれば、システム開発に対応している会社のなかから選ぶ必要があります。反対に、ホームページ制作を行いたいのであれば、システム開発実績は気にする必要はないでしょう。自社の目的に合わせて、ホームページ制作会社が対応している業務を確認することをおすすめします。

次に、ホームページ制作会社の実績を確認してください。システム開発に対応している会社でも、あらゆるシステムの開発ができるわけではありません。会社によって、開発できるシステム、得意な分野は異なります。
自社が開発したいシステムの種類を洗い出し、同様のシステムの開発実績が豊富な会社への依頼を検討するとよいでしょう。業界によって課題が異なるため、同様のシステムの開発実績があり、さらにそのシステムが同業であればベストです。

ホームページ制作やシステム開発の料金ができるだけ安い会社に依頼したいという方もいるでしょう。しかし、料金が安いだけで委託する会社は決めることはおすすめできません。
極端に料金が安い会社に依頼してしまうと、まったく効果が出ない結果となってしまうケースや、アフターサポートが一切受けられないケースも考えられます。複数の会社から見積もりを取り、相場を把握したうえで、相場とかけ離れて安い会社は避けた方が良いでしょう。

効果の出るホームページを制作するには、一定の予算が必要になります。特に中小企業やスタートアップにとっては、この初期投資が意思決定のハードルになることもあるでしょう。
その負担を軽減できる手段が、国や地方自治体の補助金です。制度を活用すれば、数十万円〜数百万円、場合によっては数千万円単位でのコスト削減につながるケースもあります。

以下では、ホームページ制作に活用できる補助金を3つ厳選して紹介します。なお、いずれも原則として契約前の申請が必要です。加えて、補助金ごとに対象要件や対象経費などの細かな条件が定められており、申請できるタイミングも限られています。発注先の検討と並行して、これらの条件やスケジュールを事前に確認しておくことが重要です。

小規模事業者持続化補助金は全国商工会連合会が運営する補助金で、販路開拓や業務効率化への取組みにかかる経費の一部を補助するものです。中小企業の中でも「小規模」に該当する事業者（個人事業主含む）が対象で、従業員数など一定の要件を満たす必要があります。

通常枠の補助額上限は50万円で補助率は原則2/3となっていますが、ホームページ制作に該当する「ウェブサイト関連費」については、補助金交付申請額合計の1/4を上限として計上する必要があります。
また、インボイス特例の要件を満たす場合は補助上限が50万円上乗せ、賃金引上げ特例対象事業者は150万円の上乗せといった条件も用意されています。

第19回の申請受付開始は2026年3月6日（金）から、申請受付締切は2026年4月30日（木）17時まで。
※公募回数は年2回程度。第20回の公募スケジュールは判明し次第更新予定。
※2026年4月16日時点の情報

出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 公募要領

中小企業新事業進出補助金は、既存事業とは異なる新商品・新サービスや新たな販路への進出を支援するものです。対象者は中小企業者・小規模事業者で、創業1年未満や従業員0名、みなし大企業等は対象外となります。単なるサイト構築ではなく、新たな市場開拓や顧客層の獲得といった「新事業」として計画に位置づけることで、制作費用や関連経費を補助対象とすることが可能です。

補助上限額については従業員規模に応じてが異なり、従業員20人以下で最大2,500万円（賃上げを実現できそうであれば特例で3,000万円）、21〜50人で最大4,000万円（同5,000万円）、51〜100人で最大5,500万円（同7,000万円）、101人以上で最大7,000万円（同9,000万円）までの補助を受けられます。補助率は原則 1/2 で、賃上げを行う場合は2/3です。

第4回の申請受付開始は2026年5月19日（火）から、応募締切は2026年6月19日（金）18時までです。
※公募回数は年3回程度。第5回の公募スケジュールは判明し次第更新予定。
※2026年4月16日時点の情報

出典：独立行政法人 中小企業基盤整備機構「中小企業新事業進出補助金」

ものづくり補助金は、革新的なサービス開発や試作品開発、生産プロセスの改善に向けた設備投資などを支援する補助金です。中小企業者・小規模事業者・個人事業主が対象となっています。
製品・サービス高付加価値化枠（通常枠の場合）の場合、従業員数5人以下で100万円～750万円、従業員数51人以上の場合は2,500万円を上限に補助を受けることができます。補助率は中小企業1/2、小規模企業・小規模事業者及び再生事業者2/3です。

23次公募申請受付開始は2026年4月3日（金）17時から、締め切りは2026年5月8日（金）17時まで。
※公募回数は年2～3回程度。24次の公募スケジュールは判明し次第更新予定。
※2026年4月16日時点の情報

出典：全国中小企業団体中央会「ものづくり補助金総合サイト」

補助金について、さらに詳しい情報を知りたい方は以下の記事をご覧ください。

補助金を活用するうえで最も重要なのは、規定に沿って正確に申請を行うことです。事業計画書や経費明細書などの必要書類は各補助金の公式サイトで確認できますが、不備や漏れがあると不採択となり、補助金を受けられません。場合によっては、想定していた予算が確保できず、ホームページ制作そのものが進められなくなるリスクもあります。

また、補助金申請は必要書類や記入項目が多く、想定以上に手間がかかります。スケジュール管理が不十分だと、申請期限を過ぎてしまい、受給のチャンスを逃すケースも少なくありません。一度逃すと、次回公募まで数ヶ月待つ必要があり、その間に施策の実行が遅れる可能性もあります。

「PRONIアイミツ」では、補助金申請に精通したホームページ制作会社を厳選し、無料でご紹介しています。申請の抜け漏れを防ぎ、スムーズに制作を進めたい方は、ぜひお気軽にご相談ください。

一口にシステム開発にも対応可能なホームページ制作会社といっても、会社ごとに得意な分野や特長が異なります。そのため、システム開発を委託する会社を選定する前に、自社でどのようなシステムを開発したいのかを明確にすることが最優先すべきことです。そして、開発するシステムが明確化したら、そのシステム開発に適性のある会社を選びましょう。

PRONIアイミツでは、豊富な制作会社データと発注者アンケートをもとに、企業のニーズに合ったホームページ制作会社をご紹介しています。相談は無料で、複数社の比較や見積もり依頼も可能です。システム開発にも対応可能なホームページ制作会社選びで迷った場合は、ぜひPRONIアイミツにご相談ください。