ECサイト開発でおすすめのシステム開発会社5選【2026年最新版】

日本最大級の発注プラットフォーム「PRONIアイミツ」が、ECサイト開発でおすすめのシステム開発会社を厳選！
実績のある会社や専門性の高い会社をピックアップしました。
システム開発会社の選び方や相場についても解説しています。システム開発の依頼先にお悩みの方はぜひ参考にしてください！

ネットショッピングが主流になるにつれ、ECサイトを利用する消費者の数は増えています。昨今ではECサイトを気軽に制作できるEC向けプラットフォームもありますが、大きな手数料や利用料がかかること、プラットフォームの運営会社の方針に大きく影響を受けることなどから、自社でECサイトを構築し、運用する会社が増えてきました。ECサイトで効率的に利益を生み出すには、ECサイトの自社運営は避けては通れないでしょう。
しかしながら、ECサイトをただ作っただけでは他のECサイトに勝てません。せっかく取り組むのであれば、質の高い、成果に直結するECサイトを制作したいところ。ECサイト制作を依頼する際には、ECサイト制作に強いシステム開発会社を選ぶとよいでしょう。

システム開発会社を選ぶポイントを3つご紹介します。

・開発実績
開発実績は必ずチェックしておきましょう。自社の求めるシステムに近い開発実績がある会社を選ぶことで、よりイメージしたものに近いシステムの開発が期待できます。

・専門性
専門的な領域でのシステム開発では、専門性も重視すべきです。専門資格保有者の有無をチェックしておくと安心でしょう。

・短納期への対応
システム開発にかかる時間は案件によってさまざまです。スピード感を求める場合は、短納期対応に強い会社を選ぶことをおすすめします。

さまざまな特徴を持つシステム開発会社が増えており、前述したポイントだけでは会社を決められない場合もあるでしょう。会社選びでお悩みの際は、ぜひPRONIアイミツへご相談ください。

ECで成果を上げるには、質の高いECサイトを制作する必要があります。実績豊富なシステム開発会社であれば、これまでの経験やノウハウを活かし、成果に直結するECサイトを作ってくれるでしょう。

他社のECサイトと差別化を図りたければ、専門性の高いECサイトを制作できるシステム開発会社を選ぶ必要があります。以下の会社であれば質の高いサイトはもちろん、制作後のサポートまで期待できます。

システム開発の費用相場は、開発目的や要件によって大きく変動します。たとえば、業務支援システムは100万〜700万円、Webシステムは50万〜500万円程度で構築できるケースが多く、比較的低コストで導入可能です。
一方で、ERPなどの基幹システムは3,000万円〜数億円、医療・ヘルスケアシステムも2,000万〜8,000万円と高額になりやすく、要件の複雑さや安全性への対応が費用を押し上げます。

また、同じカテゴリでもパッケージ導入かフルスクラッチ開発か、外部連携やカスタマイズの有無によって費用は大きく上下します。相場はあくまで目安として捉え、自社の目的と必要機能に応じて適切な投資額を見極めることが重要です。

以下では、システムの種類（開発目的）別に費用相場を一覧で整理しています。

より詳しいシステム開発の費用相場や具体的な見積もり事例、費用の算出方法などは以下の記事にて解説しています。ぜひこちらもご覧ください。

種類別に費用相場を把握したうえで、次に重要となる開発手法による違いも紹介します。

システム開発費用は「スクラッチ開発」「パッケージ導入」「ノーコード・ローコード活用」などの開発方法があり、自由度が高いほど高額、既存活用が多いほど低コストになる傾向があります。

同じ機能要件でも、どの手法を選ぶかによって初期費用・開発期間・保守性が大きく異なるため、自社の目的と予算に応じた選定が重要です。

システム開発には、要件定義から運用までを見据えた一定の投資が必要であり、中小企業やスタートアップにとっては初期費用が導入の障壁になりがちです。その負担を軽減する手段が、国や自治体の補助金制度といえるでしょう。活用すれば数十万〜数百万円規模でコスト削減が見込めます。

本記事では、システム開発に活用できる補助金を3つ厳選して紹介します。申請は契約前が原則のため、要件やスケジュールを事前に確認してください。

新事業進出・ものづくり商業サービス補助金は、従来の「ものづくり補助金」と「中小企業新事業進出補助金」の後継制度として再編された補助金です。中小企業・小規模事業者による新製品・新サービスの開発や新市場への進出を支援しており、システム開発では、新サービスとして提供するWebシステムや業務システム、SaaS、ECサイト、予約・マッチングシステムなどの構築が対象となる場合があります。

補助額は枠や従業員数によって異なり、革新的新製品・サービス枠は最大2,500万円、新事業進出枠・グローバル枠は最大7,000万円（賃上げ特例適用時は最大9,000万円）です。

※年間の公募回数は未定

出典：中小企業基盤整備機構「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者を対象にITツールやAIの導入によって業務効率化・生産性向上・DX推進を図るための補助金制度です。「通常枠」「複数者連携デジタル化・AI導入枠」「インボイス対応枠」「セキュリティ対策推進枠」など複数の種類があり、目的や導入内容に応じて活用できます。
特に「通常枠」では、会計ソフトや受発注管理、顧客管理などのITツール導入に加え、クラウド利用料（最大2年分）や導入支援費用も補助対象となります。補助額はITツールの業務プロセス数に応じて変動し、1〜3プロセスで5万〜150万円、4プロセス以上で150万円〜450万円が目安です。補助率は中小企業で1/2、最低賃金近傍の事業者は2/3となります。

※公募回数は年6〜8回程度

出典：中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金」

小規模事業者持続化補助金は全国商工会連合会が運営する補助金で、販路開拓や業務効率化への取組みにかかる経費の一部を補助するものです。中小企業の中でも「小規模」に該当する事業者（個人事業主含む）が対象で、従業員数など一定の要件を満たす必要があります。

通常枠の補助上限は50万円で補助率は原則2/3です。なお、業務システムの開発が該当する「ウェブサイト関連費」は補助上限額が30万円なので注意が必要です。また、インボイス特例の要件を満たす場合は補助上限が50万円上乗せ、賃金引上げ特例対象事業者は150万円の上乗せといった条件も用意されています。

※公募回数は年2回程度

出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 公募要領

⇩補助金について、さらに詳しい情報を知りたい方は以下の記事をご覧ください。

補助金を活用するうえで重要なのは、規定に沿った正確な申請を行うことです。不備や記載漏れがあると不採択となり、想定していた予算を確保できず、システム開発自体が進まないリスクがあります。

また、申請は書類や記入項目が多く、スケジュール管理が不十分だと期限超過で機会を逃す可能性もあるでしょう。一度逃すと数ヶ月待つ必要があります。

「PRONIアイミツ」では申請に強いシステム開発会社を無料で紹介しています。スムーズに進めたい方はご相談ください。

システム開発会社を選ぶには、各社の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。

PRONIアイミツでは、経験豊富なコンシェルジュがご希望をおうかがいした上で、条件に合うシステム開発会社を無料で紹介しています。システム開発会社をお探しの方は、お気軽にお問い合わせください。