システム開発で使える補助金完全攻略！補助金の種類や必須知識も解説【2024最新版】

PRONIアイミツが過去に実際に行ったリサーチによると、システム開発の平均費用は230万円前後。大規模な業務基幹システムを開発するとなると500万円、1,000万円を超えることも珍しくありません。

そうした際に頼りになるのが、国や自治体の補助金・助成金です。
今回はシステム開発に利用できる4種類の中小企業向け補助金制度をピックアップし、それぞれ対象や補助額などを詳しく解説していきます。

システム開発に利用できる補助金は、大きく分けて4種類です。

2024年10月下旬現在、すべての補助金の申請受付が終了しています。
2025年のスケジュールは、2024年のスケジュールに沿った形で進行することが見込まれています。検討している方は、早めのチェックをおすすめします。
それでは、概要や給付額、申請スケジュールについて詳しく見ていきましょう。

1つのシステム開発で利用できる補助金は1種類のみで、複数の補助金を併用することは原則できません。
そのため、目的に沿った最適な補助金を選択する必要があります。

給付上限3,000万円と高く設定されている補助金で、審査のハードルも高いのがネック。
制度として革新的なプロダクト・事業を創出することに主眼が置かれているため、「売り上げを伸ばすためにシステム開発する」「システムによって自社の業務効率をアップさせる」といった理由だけでは採択されないケースが多いようです。

＜最新情報や更なる詳細を知りたい方は「ものづくり補助金」公式サイトへ＞

最大450万円の給付を受けられるIT導入補助金は、指定のITツールの導入を検討している方におすすめです。また、申請はノウハウもある指定業者と連携して行うのもポイント。
募集要項をきちんとチェックしたうえで不備のないよう準備すれば、オンラインからスムーズに申請できます。  

＜最新情報や更なる詳細を知りたい方は「IT導入補助金」公式サイトへ＞

電子申請または郵送いずれかの方法で申請可能。商工会議所や商工会へ問い合わせし、申請書類のチェックを受ける必要があるので、相談しながら進めたい方におすすめです。
また、ほかの補助金と比べて採択率が少し高い点も見逃せないポイントでしょう。

＜最新情報や更なる詳細を知りたい方は「小規模事業者持続化補助金」公式サイトへ＞

売り上げの減少や従業員数などの条件を満たす場合には、最大補助額がなんと1億5,000万円の事業再構築補助金がおすすめです。
ウィズコロナ時代の経済社会の変化に対応する企業を支援するために、2021年3月に始まった新しい補助金です。いつまで続くかは不透明ですが、補助額も大きいので条件に該当する方は申請してみるといいでしょう。

＜最新情報や更なる詳細を知りたい方は「事業再構築補助金」公式サイトへ＞

補助金申請は、以下のようなステップで進めていきます。

1.申請したい補助金を選択する
さまざまな募集があるため、自社の事業形態に合わせ選択をします。
日本政府公式Webサイトの「ミラサポplus」から、閲覧や検索を行うことができます。

2.公募要領の確認／必要書類の準備
申請したい補助金を決定したら、申請に必要な書類の用意にとりかかりましょう。
具体的には、応募申請書、事業計画書、経費明細書、事業要請書などです。

3.申請する
申請書類の準備が整ったら、期日までに事務局に書類一式を提出します。
書面による郵送か電子申請かを選ぶことができますが、申請したい補助金によっても詳細は異なるため、公募要領をしっかり確認し進めましょう。

4.採択の通知を受け取る／交付申請を行う
無事、申請が通り、採択されると通知が届きます。通知を受けたら「交付申請」を行いましょう。
交付申請が認められたら、ついに「交付決定（補助事業の開始）」です。

5.事業の実施／補助金の交付
実際に申請した内容で事業を実施し、その事業内容や経費を申請します。
申請の確認が完了後、補助金額の確定・交付が行われます。

それぞれの補助金の詳細を徹底解説していきます。

ものづくり補助金（正式名称：ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金）は、2012年に始まった中小企業庁による補助金制度です。中小企業の経営革新を目的とし、メーカーやIT・通信サービス業、建設業などを対象に新製品開発や作業効率化などに必要な設備・システムの導入を支援してくれます。

2024年から新制度が導入され、生産性の効率化の設備導入の支援を目的とした「省力化枠」成長分野（DX・GX）に進出するために必要な設備導入の支援を目的にした「製品・サービス高付加価値化枠」「グローバル枠」が新設されました。システム開発においては、新設枠でも要件を満たせば、対象となります。

※2024年4月の時点では募集は締め切っており、今後の予定は未定になります。ただし、ものづくり補助金が終了したわけではないので、今後募集を再開する可能性があります。検討している方は定期的に公式サイトを確認しましょう。  

ものづくり補助金は業種ごとに対象が定められています。

あわせて給付の対象となる事業計画が終了するまでに

1から3すべてを引き上げるといった条件も設けられているので、事前に事務局サイトの公募要項を確認しておきましょう。  

ものづくり補助金の給付額は支援枠によって異なります。こちらでは、2024年に新設された、製品・サービス高付加価値化枠の補助額と補助率を参考情報として記載いたします。

補助率は中小企業が1/2で小規模事業者が2/3になります。

補助率は2/3以内になります。

補助率は1/2以内（小規模事業者の場合2/3以内）になります。

2024年4月時点では、18次締切が終了しております。また、新制度の募集は18次までとされており、追加募集は行わない予定です。ただし、ものづくり補助金の募集は終了したわけではないので、募集が再開する可能性があります。
今回、新設された、支援枠が継続して行うかは未定であるため、詳しい情報は公式サイトで確認をしましょう。

補助金や助成金を活用してシステム開発を依頼をする場合は、発注先も申請などの経験がある企業を選ぶとより安心です。補助金に対応できるシステム開発会社一覧の中から探してみてはいかがでしょうか。

それでは次に、システム開発に活用できる「IT導入補助金」について説明していきます。
「IT導入補助金」は、ITツールの導入による企業の業務効率化、売り上げアップを目的とする補助金制度です。経済産業省の管理のもと、一般社団法人サービスデザイン推進協会が運営しています。

IT導入補助金は中小企業や小規模事業、スタートアップ・ベンチャー企業などを対象にしており、業種ごとに資本金と従業員数（常勤の人数）の上限が定められています。

補助の対象となるのは、以下の通りです。

※複数社連携IT導入類型については、公式サイトにてご確認ください。

また、補助の対象となるのは、以下の通りです。

システム開発にIT導入補助金を利用する場合、給付額はシステムの目的・役割（＝業務プロセス）に応じて大きく3つに分けられます。

IT導入補助金は毎年春頃から複数回の締切が設けられています。
申し込みについては、年度によって異なりますが、基本的には2月～3月にかけて申し込みを開始し、11月で最終申し込みの受付が終了するケースが多いです。
また、最終に近い申し込みになると支給が来年になってしまうケースがあるため注意が必要です。

期間内に決算書や事業計画書、納税証明書を準備し、申請フォーマットとあわせてオンライン（事務局のwebサイト）から申請しましょう。申請の締め切りからおおむね1ヵ月後に採択結果（給付の可否）の通知が届きます。
なお、補助対象となるのは「給付決定後に発生した費用」のみ。採択結果が出る前にシステム開発会社と契約を結んでしまうと補助金を利用できないため注意が必要です。　

※出典：IT導入補助金2024　https://it-shien.smrj.go.jp/

2023年4月時点で公表されている最新の申請件数と交付決定件数は以下の表の通りです。
※こちらの採択率は2023年までのデータになります。一部補助金の支援枠が異なります。

申請数によってばらつきはありますが、いずれの締切でも採択率はA類型で概ね50%、B類型で40％で推移しています。

これまでに多数の企業がIT導入補助金を活用して、業務効率化や売上アップにつなげてきました。
例えば創業150年以上の歴史を持つ老舗酒造会社が、IT導入補助金を活用してクラウド型勤怠管理システムを導入。結果、労務担当者の集計業務などがなくなり、管理関連業務にかかる時間が約80％削減できました。※1

・出典：IT導入補助金2022　https://www.it-hojo.jp/　
・事例（※1）：https://www.it-hojo.jp/h30/doc/pdf/h30_whychooseit.pdf

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それではシステム開発に活用できる3つ目の補助金、「小規模事業者持続化補助金」について解説していきましょう。
小規模事業者持続化補助金は、経済三団体の1つである日本商工会議所が運営している補助金制度です。中小企業や個人事業主の事業発展を目的として、2014年にスタートしました。

補助対象の経費として定められているのは「機械装置等費」「広報費」「開発費」「委託費」などの11種類です。

たとえば売り上げアップを目的に自社でECサイト運営システムを開発する場合は広報費。会計システムや勤怠管理システムを外注もしくは購入する場合は、委託費または機械装置等費として給付申請できます。※1

小規模事業者持続化補助は、以下に該当する法人・個人事業主・特定非営利活動法人が対象です。

また、以下の①から③すべての要件を満たす必要があります。

枠によって補助率・補助額は異なります。枠は、「通常枠」「賃金引き上げ枠」「卒業枠」「後継者支援枠」「創業枠」の5種類です。

補助対象として認められている経費のうち、

例えば、システム開発の費用が300万円なら給付される小規模事業者持続化補助金は最大50万円（残り250万円を自己負担）、100万円なら補助金と自己負担分で折半となります。
ただし、「インボイス特例」が設けられており、適格請求書発行事業者の登録を受けた事業者に対しては、補助上限額を一律50万円上乗せされます。

2024年度の申請にあたる第15回の枠は3月14日に終了しております。今後のスケジュールは未定ですが、例年では追加の募集を行っているので、検討している方は公式サイトをチェックしましょう。

ウィズコロナ・ポストコロナの経済社会の変化に対応するために、事業再構築に前向きな中小企業を支援し、日本経済の構造転換を促すことを目的とした補助金です。新型コロナウイルスの影響によって売り上げが下がってしまった中小企業や中堅企業、個人事業主の方は見逃せない内容です。

対象要件は以下の2つです。

6つの事業類型（成長枠、大規模賃金引上促進枠、回復・再生応援枠、最低賃金枠、グリーン成長枠、産業構造転換枠）と従業員数によって異なります。

例えば、成長枠で従業員数20名以下の場合の補助額は100万から2,000万円。補助率は中小企業が1/2、中堅企業は1/3です。

2024年6月時点では第12回の申請が行われています。締め切りは7月26日18:00までになりますので、検討している方は公式サイトをチェックしましょう。

補助金や助成金を活用してシステム開発を依頼をする場合は、発注先も申請などの経験がある企業を選ぶとより安心です。下記のシステム開発会社一覧の中から探してみましょう。

補助金を活用する際にいくつか注意点があります。おろそかにすると不採択につながる場合があるので注意しましょう。

補助金や助成金の支払いは基本的は後払いになります。支給のタイミングで多いのは補助事業を実施後の実績報告を行う時になります。
そのため、事業を行う段階では手元にある程度の資金を用意しておく必要があります。また、実績報告の段階で成果未達成の場合は補助金によっては支給が見送られる可能性もあるため、注意しましょう。

補助金は原則返す必要がないため、採択に厳しい審査基準を設けている場合があります。IT導入補助金は採択率は半数を超えていますが、事業再構築補助金やものづくり補助金は申請数の半分は不採択となっています。申請する補助金によっては採択は厳しい場合があることは頭に入れておきましょう。

補助の対象となるの申請した期間での経費になります。例えば、2024年4月1日～2024年8月1日までの開発期間の経費を申請していた場合はこの期間が対象となります。

期間前に発生していた経費は対象外で、期間後においても補助金によっては延長を認められない場合があるので注意が必要です。
また、期間外に発生した経費を月日を改ざんし期間内で申請することは、当然ながら不正行為とみなされます。補助金の全額返納など、重いペナルティがかせられるので、絶対に行わないようにしましょう。  

補助金について理解が深まったところで、補助金の申請にはそれなりの工数がかかってしまいます。
そこでおすすめなのが、補助金の申請をサポートしてくれるシステム開発です。
ここからは、補助金の申請サポートしてくれる会社をご紹介します。

今回はシステム開発に利用できる補助金を取り上げ、それぞれの概要や給付額、申請スケジュールについてご紹介しました。できるだけコストを抑えながら、システム開発をしたい、業務システムを導入したいと考えている方の参考になれば幸いです。
システム開発に補助金を活用したい方は、「PRONIアイミツ」へお問い合わせください。【無料】で条件にマッチしたシステム開発会社のご紹介や補助金に関する情報提供などのサポートを行います。
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