基幹システムのスクラッチ開発でおすすめの会社5選！費用や選び方も解説【2026年最新版】

日本最大級の発注プラットフォーム「アイミツ」が、基幹システムのスクラッチ開発でおすすめのシステム開発会社を厳選！
運用保守も依頼できる会社や、セキュリティ対策に定評ある会社をピックアップしました。

システム開発会社の選び方や相場についても解説しています。基幹システム開発の依頼先にお悩みの方はぜひ参考にしてください！

システムやソフトウェアをゼロから構築するスクラッチ開発は、クラウドツールやパッケージ製品と比較すると初期費用が高額になるものの、機能やレイアウトの制限がなく、ほかのシステムとの連携やカスタマイズも自在に行えるのが特徴。使用するサーバーも専有となるため、ほかの利用者の影響を受けることなく、セキュアな環境での運用が可能です。

そうした背景から、生産管理システムや販売管理システム、人事給与システムといった基幹システムのスクラッチ開発に踏み切る会社も少なくなく、多くのシステム開発会社がニーズに応えるための開発体制を整えています。

システム開発会社を選ぶポイントを3つご紹介します。

・開発実績
開発実績は必ずチェックしておきましょう。自社の求めるシステムに近い開発実績がある会社を選ぶことで、よりイメージしたものに近いシステムの開発が期待できます。

・専門性
専門的な領域でのシステム開発では、専門性も重視すべきです。専門資格保有者の有無をチェックしておくと安心でしょう。

・短納期への対応
システム開発にかかる時間は案件によってさまざまです。スピード感を求める場合は、短納期対応に強い会社を選ぶことをおすすめします。

さまざまな特徴を持つシステム開発会社が増えており、前述したポイントだけでは会社を決められない場合もあるでしょう。会社選びでお悩みの際は、ぜひ「アイミツ」へご相談ください。

まずは、メンテナンスやトラブル対応など、基幹システムのスクラッチ開発から運用・保守まで任せられる会社を紹介します。

スクラッチ開発を進める中でトラブルやインシデントの発生を防ぐためには、システム開発会社のセキュリティに目を向けることも大切です。ここからは、基幹システムのスクラッチ開発対応でセキュリティ対策に定評があるシステム開発会社を紹介します。

システム開発の費用相場は、開発目的や要件によって大きく変動します。たとえば、業務支援システムは100万〜700万円、Webシステムは50万〜500万円程度で構築できるケースが多く、比較的低コストで導入可能です。
一方で、ERPなどの基幹システムは3,000万円〜数億円、医療・ヘルスケアシステムも2,000万〜8,000万円と高額になりやすく、要件の複雑さや安全性への対応が費用を押し上げます。

また、同じカテゴリでもパッケージ導入かフルスクラッチ開発か、外部連携やカスタマイズの有無によって費用は大きく上下します。相場はあくまで目安として捉え、自社の目的と必要機能に応じて適切な投資額を見極めることが重要です。

以下では、システムの種類（開発目的）別に費用相場を一覧で整理しています。

より詳しいシステム開発の費用相場や具体的な見積もり事例、費用の算出方法などは以下の記事にて解説しています。ぜひこちらもご覧ください。

種類別に費用相場を把握したうえで、次に重要となる開発手法による違いも紹介します。

システム開発費用は「スクラッチ開発」「パッケージ導入」「ノーコード・ローコード活用」などの開発方法があり、自由度が高いほど高額、既存活用が多いほど低コストになる傾向があります。

同じ機能要件でも、どの手法を選ぶかによって初期費用・開発期間・保守性が大きく異なるため、自社の目的と予算に応じた選定が重要です。

種類別と開発手法別にシステム開発の費用相場を解説しましたが、より正確な費用を知りたい方は料金シミュレーターをご利用ください。

システム開発には、要件定義から運用までを見据えた一定の投資が必要であり、中小企業やスタートアップにとっては初期費用が導入の障壁になりがちです。その負担を軽減する手段が、国や自治体の補助金制度といえるでしょう。活用すれば数十万〜数百万円規模でコスト削減が見込めます。

本記事では、システム開発に活用できる補助金を4つ厳選して紹介します。申請は契約前が原則のため、要件やスケジュールを事前に確認してください。

ものづくり補助金は、革新的なサービス開発や試作品開発、生産プロセスの改善に向けた設備投資などを支援する補助金です。中小企業や小規模事業者、個人事業主が対象となっています。
製品・サービス高付加価値化枠（通常枠）の場合、従業員数5人以下で100万円～750万円、従業員数51人以上の場合は2,500万円を上限に補助を受けることが可能。ほかにも、海外事業を通じて国内生産性向上を図るための設備・システム投資を支援するグローバル枠の場合、3,000万円が補助上限額となっています。
両枠とも、補助率は中小企業1/2、小規模企業・小規模事業者及び再生事業者2/3です。

※公募回数は年2～3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：全国中小企業団体中央会「ものづくり補助金総合サイト」

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者を対象にITツールやAIの導入によって業務効率化・生産性向上・DX推進を図るための補助金制度です。「通常枠」「複数者連携デジタル化・AI導入枠」「インボイス対応枠」「セキュリティ対策推進枠」など複数の種類があり、目的や導入内容に応じて活用できます。
特に「通常枠」では、会計ソフトや受発注管理、顧客管理などのITツール導入に加え、クラウド利用料（最大2年分）や導入支援費用も補助対象となります。補助額はITツールの業務プロセス数に応じて変動し、1〜3プロセスで5万〜150万円、4プロセス以上で150万円〜450万円が目安です。補助率は中小企業で1/2、最低賃金近傍の事業者は2/3となります。

※公募回数は年6〜8回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金」

小規模事業者持続化補助金は全国商工会連合会が運営する補助金で、販路開拓や業務効率化への取組みにかかる経費の一部を補助するものです。中小企業の中でも「小規模」に該当する事業者（個人事業主含む）が対象で、従業員数など一定の要件を満たす必要があります。

通常枠の補助上限は50万円で、補助率は原則2/3です。なお、業務システムの開発などは「ウェブサイト関連費」として扱われ、補助金交付申請額全体の1/4が上限となります。また、インボイス特例の要件を満たす場合は補助上限が50万円上乗せ、賃金引上げ特例対象事業者は150万円の上乗せといった条件も用意されています。

※公募回数は年2回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 公募要領

中小企業新事業進出補助金は、既存事業とは異なる新商品・新サービスや新たな販路への進出を支援するものです。対象者は中小企業者・小規模事業者で、創業1年未満や従業員0名、みなし大企業等は対象外となります。新規事業の中核となるシステム・ソフトウェア開発についても、要件を満たせば補助対象となります。

補助上限額については従業員規模に応じてが異なり、従業員20人以下で最大2,500万円（賃上げを実現できそうであれば特例で3,000万円）、21〜50人で最大4,000万円（同5,000万円）、51〜100人で最大5,500万円（同7,000万円）、101人以上で最大7,000万円（同9,000万円）までの補助を受けられます。補助率は原則 1/2で、賃上げを行う場合は2/3です。

※公募回数は年3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：独立行政法人 中小企業基盤整備機構「中小企業新事業進出補助金」

⇩補助金について、さらに詳しい情報を知りたい方は以下の記事をご覧ください。

補助金を活用するうえで重要なのは、規定に沿った正確な申請を行うことです。不備や記載漏れがあると不採択となり、想定していた予算を確保できず、システム開発自体が進まないリスクがあります。

また、申請は書類や記入項目が多く、スケジュール管理が不十分だと期限超過で機会を逃す可能性もあるでしょう。一度逃すと数ヶ月待つ必要があります。

「PRONIアイミツ」では申請に強いシステム開発会社を無料で紹介しています。スムーズに進めたい方はご相談ください。

システム開発会社を選ぶには、各社の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。

「アイミツ」では、経験豊富なコンシェルジュがご希望をおうかがいした上で、条件に合うシステム開発会社を無料で紹介しています。基幹システムのスクラッチ開発を検討中の方は、お気軽にお問い合わせください。