長崎県のおすすめシステム開発会社8社を厳選【2026年最新版/一覧表付き】

長崎県に拠点を構えるシステム開発会社の実績数、開発対応範囲、予算感、運用保守の有無やサービス詳細を徹底調査し、厳選してご紹介！本当におすすめ出来る評判の高い8社をピックアップし、一覧表もご用意しました。 さらに、会社選びのポイント、費用相場も解説します。

⇩長崎市、佐世保市など地域別に、業務システムやCRM・顧客管理システムなど目的別にシステム開発会社をお探しの場合はこちらの検索をご活用ください。

はじめに、長崎県でおすすめのシステム開発会社8社を一覧でご紹介します。なかでもPRONIアイミツ編集部がおすすめの会社は、サイバーキューブ株式会社、株式会社MuuMu、株式会社ドゥアイネットなどです。是非、会社選びの参考にしてください。 

ここまで、システム開発会社を紹介してきましたが、自社に最適な依頼先を選定するには、どのようなポイントに留意したら良いのでしょうか。株式会社エンジニアリングサムライで代表取締役・ITコンサルタントとして活躍されている坂東大輔氏のアドバイスと共にポイントを確認していきましょう。

システム開発会社を選ぶ際には、現状の課題を整理して要件をまとめた上で、しっかりとRFP（提案依頼書）を作り、その内容を実現できるのか事前に候補となる会社に確認することが重要です。自社の抱えている課題のAs-Is（現状）とTo-Be（理想）を明確にしながらシステムで実現したい内容を精査しましょう。

ここでの提案依頼書を社内でしっかりと揉んでからシステム開発会社に依頼しないと、開発会社によって要件の解釈が広くなり、見積もりが大きくブレてしまいます。依頼側の課題を開発会社にしっかりと伝えることで開発会社も解決したい課題を理解することができます。RFPを作りこむことは開発の初期段階で非常に重要です。

システム開発会社を選ぶ際には、Webサイトやメールでのやり取りによる情報収集だけではなく、相手先に直接足を運んだ上、雰囲気を知ることも重要です。できれば実際の開発現場も見せてもらった上で、最前線で業務に従事しているエンジニアの気力、チーム内のコミュニケーションの様子、全体の活気などをつかむことをおすすめします。これらを実際に肌で感じることで、優秀な会社かどうか、自社にマッチしているかどうかが直感的に分かることがあるためです。

また、プロジェクトの進行には、システム開発会社の管理者、すなわちプロジェクトマネージャー（PM）の存在が大きく影響します。可能な限り事前に直接対面の上でコミュニケーションを図り、ビジネススタンスや自社との相性を確認しておきましょう。

システム開発会社が提示してくる見積もりでも、ビジネスに対するスタンスや信用度を測ることが可能です。金額の根拠や作業内容の詳細が不明瞭な箇所がある場合には、納得できるまでしっかりと説明してもらうことをおすすめします。その際、曖昧な内容に終始するなど、明確な返答が得られない会社であれば、信用できないと判断して問題ないでしょう。また、上述したRFPの内容が確実に反映されているかどうかも重要なポイントです。  

システム開発会社と発注者は対等なパートナーです。請負契約の場合は、要件を基に期待されたWebシステムを開発会社が実現し、その対価として発注者が金銭を支払うという関係性になりますが、プロジェクトの成功に向けては対等な関係でコミュニケーションを図りながら、どちらも自らの責任の下で役目を果たす必要があります。

システム開発会社は受け身であることも多く、発注者側が上から目線で接するようなスタンスを見せるとさらに萎縮してしまうことがあるため注意が必要です。その結果、報告・連絡・相談が不足し、プロジェクトがスムーズに進まないばかりか、トラブルが起きても隠蔽するような事態になりかねません。成功を目指して伴走する同志として、プロフェッショナルならではの積極的な協力を促すようなコミュニケーションを心掛けましょう。

ベンダーロックインとは、特定のベンダーに対する依存度が高く、他のベンダーやシステムに乗り換えることが困難な状況のことです。システム開発会社にすべてを丸投げしてしまうと、ベンダーロックインが発生し、将来的な柔軟性や拡張性の面で大きな問題となることがあります。そのため、上述のとおり対等なパートナーであるというスタンスでコミュニケーションを図りながら、必要事項はすべて共有の上、一緒に作り上げていくという意識を持つことが重要です。

システム開発の費用相場は、開発目的や要件によって大きく変動します。たとえば、業務支援システムは100万〜700万円、Webシステムは50万〜500万円程度で構築できるケースが多く、比較的低コストで導入可能です。
一方で、ERPなどの基幹システムは3,000万円〜数億円、医療・ヘルスケアシステムも2,000万〜8,000万円と高額になりやすく、要件の複雑さや安全性への対応が費用を押し上げます。

また、同じカテゴリでもパッケージ導入かフルスクラッチ開発か、外部連携やカスタマイズの有無によって費用は大きく上下します。相場はあくまで目安として捉え、自社の目的と必要機能に応じて適切な投資額を見極めることが重要です。

以下では、システムの種類（開発目的）別に費用相場を一覧で整理しています。

より詳しいシステム開発の費用相場や具体的な見積もり事例、費用の算出方法などは以下の記事にて解説しています。ぜひこちらもご覧ください。

種類別に費用相場を把握したうえで、次に重要となる開発手法による違いも紹介します。

システム開発費用は「スクラッチ開発」「パッケージ導入」「ノーコード・ローコード活用」などの開発方法があり、自由度が高いほど高額、既存活用が多いほど低コストになる傾向があります。

同じ機能要件でも、どの手法を選ぶかによって初期費用・開発期間・保守性が大きく異なるため、自社の目的と予算に応じた選定が重要です。

システム開発には、要件定義から運用までを見据えた一定の投資が必要であり、中小企業やスタートアップにとっては初期費用が導入の障壁になりがちです。その負担を軽減する手段が、国や自治体の補助金制度といえるでしょう。活用すれば数十万〜数百万円規模でコスト削減が見込めます。

本記事では、システム開発に活用できる補助金を4つ厳選して紹介します。申請は契約前が原則のため、要件やスケジュールを事前に確認してください。

ものづくり補助金は、革新的なサービス開発や試作品開発、生産プロセスの改善に向けた設備投資などを支援する補助金です。中小企業や小規模事業者、個人事業主が対象となっています。
製品・サービス高付加価値化枠（通常枠）の場合、従業員数5人以下で100万円～750万円、従業員数51人以上の場合は2,500万円を上限に補助を受けることが可能。ほかにも、海外事業を通じて国内生産性向上を図るための設備・システム投資を支援するグローバル枠の場合、3,000万円が補助上限額となっています。
両枠とも、補助率は中小企業1/2、小規模企業・小規模事業者及び再生事業者2/3です。

※公募回数は年2～3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：全国中小企業団体中央会「ものづくり補助金総合サイト」

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者を対象にITツールやAIの導入によって業務効率化・生産性向上・DX推進を図るための補助金制度です。「通常枠」「複数者連携デジタル化・AI導入枠」「インボイス対応枠」「セキュリティ対策推進枠」など複数の種類があり、目的や導入内容に応じて活用できます。
特に「通常枠」では、会計ソフトや受発注管理、顧客管理などのITツール導入に加え、クラウド利用料（最大2年分）や導入支援費用も補助対象となります。補助額はITツールの業務プロセス数に応じて変動し、1〜3プロセスで5万〜150万円、4プロセス以上で150万円〜450万円が目安です。補助率は中小企業で1/2、最低賃金近傍の事業者は2/3となります。

※公募回数は年6〜8回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金」

小規模事業者持続化補助金は全国商工会連合会が運営する補助金で、販路開拓や業務効率化への取組みにかかる経費の一部を補助するものです。中小企業の中でも「小規模」に該当する事業者（個人事業主含む）が対象で、従業員数など一定の要件を満たす必要があります。

通常枠の補助上限は50万円で、補助率は原則2/3です。なお、業務システムの開発などは「ウェブサイト関連費」として扱われ、補助金交付申請額全体の1/4が上限となります。また、インボイス特例の要件を満たす場合は補助上限が50万円上乗せ、賃金引上げ特例対象事業者は150万円の上乗せといった条件も用意されています。

※公募回数は年2回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 公募要領

中小企業新事業進出補助金は、既存事業とは異なる新商品・新サービスや新たな販路への進出を支援するものです。対象者は中小企業者・小規模事業者で、創業1年未満や従業員0名、みなし大企業等は対象外となります。新規事業の中核となるシステム・ソフトウェア開発についても、要件を満たせば補助対象となります。

補助上限額については従業員規模に応じてが異なり、従業員20人以下で最大2,500万円（賃上げを実現できそうであれば特例で3,000万円）、21〜50人で最大4,000万円（同5,000万円）、51〜100人で最大5,500万円（同7,000万円）、101人以上で最大7,000万円（同9,000万円）までの補助を受けられます。補助率は原則 1/2で、賃上げを行う場合は2/3です。

※公募回数は年3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：独立行政法人 中小企業基盤整備機構「中小企業新事業進出補助金」

⇩補助金について、さらに詳しい情報を知りたい方は以下の記事をご覧ください。

補助金を活用するうえで重要なのは、規定に沿った正確な申請を行うことです。不備や記載漏れがあると不採択となり、想定していた予算を確保できず、システム開発自体が進まないリスクがあります。

また、申請は書類や記入項目が多く、スケジュール管理が不十分だと期限超過で機会を逃す可能性もあるでしょう。一度逃すと数ヶ月待つ必要があります。

「PRONIアイミツ」では申請に強いシステム開発会社を無料で紹介しています。スムーズに進めたい方はご相談ください。

ここまで、長崎県のおすすめシステム開発会社をご紹介しました。PRONIアイミツでは、システム開発を検討している方にピッタリのシステム開発会社をご紹介できます。最短翌日に現在対応可能できる企業のみがそろうので、スピーディな企業探しが可能です。是非ご活用ください。