フルスクラッチ開発でおすすめのシステム開発会社6選！費用や選び方も解説【2025年最新版】

フルスクラッチ開発でおすすめのシステム開発会社を厳選し、6社ご紹介します。

近年、業務の高度化やDX推進の流れを受け、既存のパッケージソフトでは対応しきれない独自要件に応えるため、フルスクラッチでのシステム開発を選ぶ企業が増えています。しかし、ゼロからの開発はコストや期間もかかるため、依頼先の選定が非常に重要です。

こうしたお悩みを抱える方に向けて、製造業向けシステム開発におすすめのシステム開発会社をご紹介すると共に、『中小企業の「システム外注」はじめに読む本』の著者でITコンサルタントの坂東 大輔氏監修のもと、開発会社の選び方や費用相場も詳しく解説していきます。

まずはじめに、フルスクラッチ開発でおすすめのシステム開発会社をご紹介します。おすすめの会社は株式会社イーストクリエイティブ、株式会社ジーエルシーなど6社です。実績豊富な会社に開発を依頼すると、業界特化の知見を活かした提案が受けられたり、開発フローが確立されているため迅速な対応が期待できます。           

フルスクラッチ開発のメリットは、自社専用のシステムを開発できる点です。パッケージのシステムは比較的低コストで導入できますが、機能や拡張性に制限がある場合もあります。自社の業務に対応できるシステムが見つからないというケースも少なくありません。フルスクラッチ開発であれば、自社の業務に合わせたシステムを開発できます。

一方のデメリットは、パッケージのシステムと比較して開発コストが掛かってしまう点です。費用対効果を考慮した上で、フルスクラッチ開発を検討しましょう。

自社にマッチした適切な依頼先を選定するためにはいくつかのポイントをしっかりと押さえながら検討を進めることが重要です。以下より、システム開発会社を選ぶ際に押さえておきたい主なポイントを紹介します。これらを参考にしながら、ぜひ失敗しない会社選びを実現してください。

システム開発会社を選ぶ際には、現状の課題を整理して要件をまとめた上で、しっかりとRFP（提案依頼書）を作り、その内容を実現できるのか事前に候補となる会社に確認することが重要です。自社の抱えている課題のAs-Is（現状）とTo-Be（理想）を明確にしながらシステムで実現したい内容を精査しましょう。

ここでの提案依頼書を社内でしっかりと揉んでからシステム開発会社に依頼しないと、開発会社によって要件の解釈が広くなり、見積もりが大きくブレてしまいます。依頼側の課題を開発会社にしっかりと伝えることで開発会社も解決したい課題を理解することができます。RFPを作りこむことは開発の初期段階で非常に重要です。

システム開発会社を選ぶ際には、Webサイトやメールでのやり取りによる情報収集だけではなく、相手先に直接足を運んだ上、雰囲気を知ることも重要です。できれば実際の開発現場も見せてもらった上で、最前線で業務に従事しているエンジニアの気力、チーム内のコミュニケーションの様子、全体の活気などをつかむことをおすすめします。これらを実際に肌で感じることで、優秀な会社かどうか、自社にマッチしているかどうかが直感的に分かることがあるためです。

また、プロジェクトの進行には、システム開発会社の管理者、すなわちプロジェクトマネージャー（PM）の存在が大きく影響します。可能な限り事前に直接対面の上でコミュニケーションを図り、ビジネススタンスや自社との相性を確認しておきましょう。

システム開発会社が提示してくる見積もりでも、ビジネスに対するスタンスや信用度を測ることが可能です。金額の根拠や作業内容の詳細が不明瞭な箇所がある場合には、納得できるまでしっかりと説明してもらうことをおすすめします。その際、曖昧な内容に終始するなど、明確な返答が得られない会社であれば、信用できないと判断して問題ないでしょう。また、上述したRFPの内容が確実に反映されているかどうかも重要なポイントです。  

システム開発会社と発注者は対等なパートナーです。請負契約の場合は、要件を基に期待されたWebシステムを開発会社が実現し、その対価として発注者が金銭を支払うという関係性になりますが、プロジェクトの成功に向けては対等な関係でコミュニケーションを図りながら、どちらも自らの責任の下で役目を果たす必要があります。

システム開発会社は受け身であることも多く、発注者側が上から目線で接するようなスタンスを見せるとさらに萎縮してしまうことがあるため注意が必要です。その結果、報告・連絡・相談が不足し、プロジェクトがスムーズに進まないばかりか、トラブルが起きても隠蔽するような事態になりかねません。成功を目指して伴走する同志として、プロフェッショナルならではの積極的な協力を促すようなコミュニケーションを心掛けましょう。

ベンダーロックインとは、特定のベンダーに対する依存度が高く、他のベンダーやシステムに乗り換えることが困難な状況のことです。システム開発会社にすべてを丸投げしてしまうと、ベンダーロックインが発生し、将来的な柔軟性や拡張性の面で大きな問題となることがあります。そのため、上述のとおり対等なパートナーであるというスタンスでコミュニケーションを図りながら、必要事項はすべて共有の上、一緒に作り上げていくという意識を持つことが重要です。

続いて、システム開発にかかる費用相場について解説します。システム開発会社の費用相場は、基幹システムは250万～3,000万円程度、業務支援システムは60万～920万円程度、Webシステムはシステムの種類によりますが40万～600万円程度とされています。要件によってはフルスクラッチ開発での高度なカスタマイズが必要となるため、費用が大幅に増加し数千万円規模になることもあります。  

参考情報：PRONIアイミツを介したシステム開発取引実績データ

詳しいシステム開発の費用相場を知りたい方は、下記の記事をご覧ください。

システム開発には、それなりの費用がかかります。そこで、少しでも費用を抑えたいときに役立つのが国や地方自治体の補助金です。以下にシステム開発に活用できる補助金を3つ厳選してご紹介します。原則、契約前に申請が必要なので、発注先選びと並行して補助金情報を調べるのがおすすめです。

詳しいシステム開発の補助金・助成金については、下記の記事をご覧ください。

【まとめ】フルスクラッチ開発のシステム開発会社選びで迷ったらPRONIアイミツへ

本記事では、フルスクラッチ開発におすすめのシステム開発会社とその選び方をご紹介しました。発注に失敗しないためにシステム開発会社を選ぶ際のポイントは、以下の5点を確認しましょう。

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