ECサイトのフルスクラッチとは？おすすめの開発会社5選【2026年最新版】

ECサイトのフルスクラッチ開発とは何か簡単に解説。ECサイトのフルスクラッチ開発で、おすすめのシステム開発会社もご紹介します。

ECサイトはプラットフォームやモールを活用して、簡単に構築・運用できるようになりました。しかし、独自性やブランディングを考慮すると、全くのゼロベースから構築するフルスクラッチ開発もおすすめです。

そこで本記事では、上記のようなお悩みを抱えた方に向け、ECサイトのフルスクラッチ開発についてわかりやすく解説すると共に、おすすめのシステム開発会社をご紹介します。また、フルスクラッチ開発のメリット・デメリット、システム開発会社選びのポイントなども解説するので、ぜひ参考にしてください。

昨今、ECサイトはパッケージ型プラットフォームや無料のショッピングカートを用いて制作するのが主流です。しかし、こうしたプラットフォームやショッピングカートは初期投資を抑えられる反面、製品によっては機能のカスタマイズや他システムとの連携が難しいことも。

「オリジナリティを重視したい」「ECサイトの成長に合わせて機能を追加していきたい」といった場合には、ゼロからサイトシステムを構築するフルスクラッチによるECサイト開発も選択肢の1つになるといえます。実際にフルスクラッチによるECサイト開発を行う会社も少なくなく、有名どころでは「ユニクロ」のオンラインストアや「ZOZOTOWN」もフルスクラッチ開発で構築されています。

ここからは、ECサイトのフルスクラッチ開発でおすすめのシステム開発会社をご紹介します。
まずは、東京でECサイトのフルスクラッチ開発に強い会社をご紹介しましょう。東京のECサイトのフルスクラッチ開発でおすすめの会社は、ポータルシステム株式会社、株式会社ネオインデックス、株式会社Wakka Inc.の3社です。

次に、ECサイトのフルスクラッチ開発に対応している大阪のシステム開発会社をご紹介します。大阪でECサイトのフルスクラッチ開発でおすすめの会社は、株式会社ND&I、株式会社ニュートラルワークスの2社です。

ここからは、ECサイトをフルスクラッチで構築するメリットについて解説します。

フルスクラッチの最大の強みは、デザインも機能もすべて思い通りに作れる点です。既存のサービスと違い、ブランドイメージやビジネスモデルに合わせて完全にオーダーメイドのECサイトを構築できます。将来的に新しい機能が必要になった場合も、柔軟に追加や変更が可能で、ビジネスの成長に合わせてサイトを進化させらるでしょう。

競合が多いEC市場で差別化を図るためには、独自の魅力が不可欠です。フルスクラッチでの構築なら、他にはない個性的なデザインや特別なユーザー体験を提供でき、強力なブランドイメージを築けるでしょう。顧客に「ここで買いたい」と思わせるような唯一無二のECサイトを作り上げれば、価格競争に巻き込まれず、顧客の心を掴むことができます。

フルスクラッチでは、自社専用の強固なセキュリティ対策を施せます。共通のシステムを使うASPなどと異なり、特定の脆弱性への対策を徹底したり、自社のルールに合わせたカスタマイズが可能です。また、システムを最適化することで、サイトの表示速度や処理速度を最大限に高め、ユーザーの快適な利用を実現し、顧客満足度や売上向上にも繋げられえるでしょう。

ECサイト運営で利用する在庫管理や顧客管理（CRM）などの既存システムと、ECサイトをスムーズに連携させられるのも大きなメリットです。在庫状況の自動更新や顧客データの一元管理により、業務効率が飛躍的に向上し、ヒューマンエラーを減らせるでしょう。顧客への迅速な対応やパーソナルなサービスの提供が可能で、顧客満足度を高められます。

初期費用はかかりますが、長期的に見るとフルスクラッチでの構築はコストを抑えられる場合があります。月額費用がかかるASPなどと違い、一度構築すれば維持費（サーバー・保守費用）はかかりますが、それ以外の余計なコストを削減可能。ビジネスの変化に合わせて、必要な機能だけを柔軟に修正・追加できるため、常に市場ニーズに対応したECサイトを維持し、長期的な競争力を保てます。

フルスクラッチでのECサイト構築には多くのメリットがありますが、同時に知っておくべきデメリットもあります。ここからは、フルスクラッチで構築する際のデメリットを解説していきましょう。

開発にかかる費用が高くなるのが大きな点です。全てをゼロから作るため、デザインやシステム開発に人件費や時間がかさみます。複雑なサイトほど費用は膨らむので、予算計画をしっかり立てる必要があるでしょう。

サイトが完成するまでに時間がかかりやすいのも欠点です。企画から公開まで、数ヶ月から1年以上かかることも。世の中の変化が速い中で、開発が長引くとビジネスチャンスを逃す可能性もあります。

フルスクラッチには、専門的なシステム開発の知識と、それを実行できる人材が不可欠です。社内で全てをまかなうのは難しく、外部の開発会社に頼む場合でも、自社の要望を伝えるための知識は必要になります。知識不足はトラブルや費用増の原因になることもあるので、注意しましょう。

ECサイトは作って終わりではなく、公開後の運用や管理にも手間がかかります。バグ修正やセキュリティ更新など、継続的な作業が必要です。これらの負担は自社にかかることも多く、専門の担当者や外部の協力が欠かせません。

Web技術やECの流行は常に変わります。フルスクラッチで作られたサイトは、一度完成すると、新しい機能やデザインのトレンドを取り入れるのが難しい場合もあります。常に進化するニーズに対応するには、継続的な開発と投資が必要になる点を把握しておきましょう。

自社にマッチした適切な依頼先を選定するためには、いくつかのポイントをしっかりと押さえながら検討を進めることが重要です。以下より、システム開発会社を選ぶ際に押さえておきたい主なポイントを紹介します。これらを参考にしながら、ぜひ失敗しない会社選びを実現してください。

システム開発会社を選ぶ際には、現状の課題を整理して要件をまとめた上で、しっかりとRFP（提案依頼書）を作り、その内容を実現できるのか事前に候補となる会社に確認することが重要です。自社の抱えている課題のAs-Is（現状）とTo-Be（理想）を明確にしながらシステムで実現したい内容を精査しましょう。

ここでの提案依頼書を社内でしっかりと揉んでからシステム開発会社に依頼しないと、開発会社によって要件の解釈が広くなり、見積もりが大きくブレてしまいます。依頼側の課題を開発会社にしっかりと伝えることで開発会社も解決したい課題を理解することができます。RFPを作りこむことは開発の初期段階で非常に重要です。

システム開発会社を選ぶ際には、Webサイトやメールでのやり取りによる情報収集だけではなく、相手先に直接足を運んだ上、雰囲気を知ることも重要です。できれば実際の開発現場も見せてもらった上で、最前線で業務に従事しているエンジニアの気力、チーム内のコミュニケーションの様子、全体の活気などをつかむことをおすすめします。これらを実際に肌で感じることで、優秀な会社かどうか、自社にマッチしているかどうかが直感的に分かることがあるためです。

また、プロジェクトの進行には、システム開発会社の管理者、すなわちプロジェクトマネージャー（PM）の存在が大きく影響します。可能な限り事前に直接対面の上でコミュニケーションを図り、ビジネススタンスや自社との相性を確認しておきましょう。

システム開発会社が提示してくる見積もりでも、ビジネスに対するスタンスや信用度を測ることが可能です。金額の根拠や作業内容の詳細が不明瞭な箇所がある場合には、納得できるまでしっかりと説明してもらうことをおすすめします。その際、曖昧な内容に終始するなど、明確な返答が得られない会社であれば、信用できないと判断して問題ないでしょう。また、上述したRFPの内容が確実に反映されているかどうかも重要なポイントです。  

システム開発会社と発注者は対等なパートナーです。請負契約の場合は、要件を基に期待されたWebシステムを開発会社が実現し、その対価として発注者が金銭を支払うという関係性になりますが、プロジェクトの成功に向けては対等な関係でコミュニケーションを図りながら、どちらも自らの責任の下で役目を果たす必要があります。

システム開発会社は受け身であることも多く、発注者側が上から目線で接するようなスタンスを見せるとさらに萎縮してしまうことがあるため注意が必要です。その結果、報告・連絡・相談が不足し、プロジェクトがスムーズに進まないばかりか、トラブルが起きても隠蔽するような事態になりかねません。成功を目指して伴走する同志として、プロフェッショナルならではの積極的な協力を促すようなコミュニケーションを心掛けましょう。

ベンダーロックインとは、特定のベンダーに対する依存度が高く、他のベンダーやシステムに乗り換えることが困難な状況のことです。システム開発会社にすべてを丸投げしてしまうと、ベンダーロックインが発生し、将来的な柔軟性や拡張性の面で大きな問題となることがあります。そのため、上述のとおり対等なパートナーであるというスタンスでコミュニケーションを図りながら、必要事項はすべて共有の上、一緒に作り上げていくという意識を持つことが重要です。

システム開発の費用相場は、開発目的や要件によって大きく変動します。たとえば、業務支援システムは100万〜700万円、Webシステムは50万〜500万円程度で構築できるケースが多く、比較的低コストで導入可能です。
一方で、ERPなどの基幹システムは3,000万円〜数億円、医療・ヘルスケアシステムも2,000万〜8,000万円と高額になりやすく、要件の複雑さや安全性への対応が費用を押し上げます。

また、同じカテゴリでもパッケージ導入かフルスクラッチ開発か、外部連携やカスタマイズの有無によって費用は大きく上下します。相場はあくまで目安として捉え、自社の目的と必要機能に応じて適切な投資額を見極めることが重要です。

以下では、システムの種類（開発目的）別に費用相場を一覧で整理しています。

より詳しいシステム開発の費用相場や具体的な見積もり事例、費用の算出方法などは以下の記事にて解説しています。ぜひこちらもご覧ください。

種類別に費用相場を把握したうえで、次に重要となる開発手法による違いも紹介します。

システム開発費用は「スクラッチ開発」「パッケージ導入」「ノーコード・ローコード活用」などの開発方法があり、自由度が高いほど高額、既存活用が多いほど低コストになる傾向があります。

同じ機能要件でも、どの手法を選ぶかによって初期費用・開発期間・保守性が大きく異なるため、自社の目的と予算に応じた選定が重要です。

種類別と開発手法別にシステム開発の費用相場を解説しましたが、より正確な費用を知りたい方は料金シミュレーターをご利用ください。

システム開発には、要件定義から運用までを見据えた一定の投資が必要であり、中小企業やスタートアップにとっては初期費用が導入の障壁になりがちです。その負担を軽減する手段が、国や自治体の補助金制度といえるでしょう。活用すれば数十万〜数百万円規模でコスト削減が見込めます。

本記事では、システム開発に活用できる補助金を4つ厳選して紹介します。申請は契約前が原則のため、要件やスケジュールを事前に確認してください。

ものづくり補助金は、革新的なサービス開発や試作品開発、生産プロセスの改善に向けた設備投資などを支援する補助金です。中小企業や小規模事業者、個人事業主が対象となっています。
製品・サービス高付加価値化枠（通常枠）の場合、従業員数5人以下で100万円～750万円、従業員数51人以上の場合は2,500万円を上限に補助を受けることが可能。ほかにも、海外事業を通じて国内生産性向上を図るための設備・システム投資を支援するグローバル枠の場合、3,000万円が補助上限額となっています。
両枠とも、補助率は中小企業1/2、小規模企業・小規模事業者及び再生事業者2/3です。

※公募回数は年2～3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：全国中小企業団体中央会「ものづくり補助金総合サイト」

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者を対象にITツールやAIの導入によって業務効率化・生産性向上・DX推進を図るための補助金制度です。「通常枠」「複数者連携デジタル化・AI導入枠」「インボイス対応枠」「セキュリティ対策推進枠」など複数の種類があり、目的や導入内容に応じて活用できます。
特に「通常枠」では、会計ソフトや受発注管理、顧客管理などのITツール導入に加え、クラウド利用料（最大2年分）や導入支援費用も補助対象となります。補助額はITツールの業務プロセス数に応じて変動し、1〜3プロセスで5万〜150万円、4プロセス以上で150万円〜450万円が目安です。補助率は中小企業で1/2、最低賃金近傍の事業者は2/3となります。

※公募回数は年6〜8回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金」

小規模事業者持続化補助金は全国商工会連合会が運営する補助金で、販路開拓や業務効率化への取組みにかかる経費の一部を補助するものです。中小企業の中でも「小規模」に該当する事業者（個人事業主含む）が対象で、従業員数など一定の要件を満たす必要があります。

通常枠の補助上限は50万円で、補助率は原則2/3です。なお、業務システムの開発などは「ウェブサイト関連費」として扱われ、補助金交付申請額全体の1/4が上限となります。また、インボイス特例の要件を満たす場合は補助上限が50万円上乗せ、賃金引上げ特例対象事業者は150万円の上乗せといった条件も用意されています。

※公募回数は年2回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 公募要領

中小企業新事業進出補助金は、既存事業とは異なる新商品・新サービスや新たな販路への進出を支援するものです。対象者は中小企業者・小規模事業者で、創業1年未満や従業員0名、みなし大企業等は対象外となります。新規事業の中核となるシステム・ソフトウェア開発についても、要件を満たせば補助対象となります。

補助上限額については従業員規模に応じてが異なり、従業員20人以下で最大2,500万円（賃上げを実現できそうであれば特例で3,000万円）、21〜50人で最大4,000万円（同5,000万円）、51〜100人で最大5,500万円（同7,000万円）、101人以上で最大7,000万円（同9,000万円）までの補助を受けられます。補助率は原則 1/2で、賃上げを行う場合は2/3です。

※公募回数は年3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：独立行政法人 中小企業基盤整備機構「中小企業新事業進出補助金」

⇩補助金について、さらに詳しい情報を知りたい方は以下の記事をご覧ください。

補助金を活用するうえで重要なのは、規定に沿った正確な申請を行うことです。不備や記載漏れがあると不採択となり、想定していた予算を確保できず、システム開発自体が進まないリスクがあります。

また、申請は書類や記入項目が多く、スケジュール管理が不十分だと期限超過で機会を逃す可能性もあるでしょう。一度逃すと数ヶ月待つ必要があります。

「PRONIアイミツ」では申請に強いシステム開発会社を無料で紹介しています。スムーズに進めたい方はご相談ください。

ここまで、ECサイトのフルスクラッチ開発とは何か簡単に解説し、おすすめのシステム開発会社をご紹介しました。ECサイトのフルスクラッチ開発は、独自性やカスタマイズの良さ、ブランディングなどメリットも多いですが、費用や構築の手間などデメリットもあります。自社の目的や予算を鑑みて、フルスクラッチ開発を検討し、マッチしたシステム開発会社に相談しましょう。

PRONIアイミツでは、さまざまな特徴をもったシステム開発会社をご紹介できます。ECサイト構築でお悩みの方は、ぜひお問い合わせください。

システム開発でよくある質問をいくつかご紹介します。

デザインって必要？
イラストや装飾等のデザインを準備するは必要ありませんが、可能であれば簡易的なシステムの画面設計を用意しておくと良いでしょう。用意が難しければ、完成イメージに近い既存のシステムを探しておくだけでも、開発会社からのヒアリングの際に役に立ちます。

UI、UXってなに？
システム開発にはUIデザインと呼ばれるデザインが必要となってきます。UI（ユーザーインターフェース）とは、ユーザーが商品・サービスを利用する際の直接触れる接点のことで、システムやアプリであれば操作画面のことを指します。UIの他にもUX（ユーザーエクスペリエンス）というデザインの概念もあります。UIとUXの違いについて詳しく知りたい方はこちらの記事をご参照ください。

アプリ開発
決められたシステム基盤の中で動作するソフトウェアのことです。例えばスマホのゲームアプリなど、メインとなるシステムが別にあり、そのシステムを通して動作するソフトウェアをアプリと呼びます。

システム開発
他のシステムの枠組みの中で動くのではなく、仕組みそのものを構築するのがシステム開発です。実際につくられるシステムの例としては、勤怠管理システムや顧客情報管理システムなどが挙げられます。

どっちで開発したらいい？
一般のユーザーにも配信したり、SNS等で拡散したいのであればアプリ開発がいいでしょう。その他スマホのカメラやGPS、Bluetooth機能を使いたい場合もアプリがおすすめです。システム開発とどちらで発注するか迷う場合は、アプリ開発とシステム開発のどちらも行っている会社に相談すると良いでしょう。  

ソースコードが読める状態のシステムであれば、対応可能なケースが多いです。仕様書や設計書などの資料があれば効率的に進められますが、ない場合でも多くの場合可能です。資料がない場合、修正場所をさがしたり、テストに時間がかかったり、改修規模に関わらず納期が長くなるケースが多いので、見積もり請求時には資料の有無を明記の上、納期をご確認ください。

システム開発を依頼する前に、最低限以下の内容を準備しておくとスムーズでしょう。

目的とゴール、ターゲット、コンセプトの整理
まずは開発するシステムに求める目的とゴール、合わせて使用するユーザー像を明確にしてコンセプトを設定しましょう。そこから必要な情報を洗い出し、システムに実装する機能を考えていきます。

システムに実装したい機能や仕様をまとめる
目的を達成するために、どんな機能が必要なのか、どのような仕様にしたいのかを整理してみましょう。機能や仕様などの要件定義は、システム開発会社が主導でヒアリングを行って進めますが、発注側でもあらかじめ考えておくことで、システムで何を解決したいのかが明確になり、発注後のやりとりもスムーズに進めることができます。

この２点が曖昧だと方向性が定まらず、正式なお見積もりを手に入れることが遅くなったり、最終的に出来上がったものがイメージと違うものが出来上がる可能性があります。詳細まで考え切らずとも、ある程度まとめておくと良いでしょう。あるいは、完成イメージと似ている他のシステムを探すのも一つの手です。  

システム開発に掛かる期間は制作するシステムの具合によって大きく異なるでしょう。すべてのシステムを1から制作する「フルスクラッチ」型では、一般的に最短で6ヶ月ほど時間が掛かるとされています。一方で、ある程度のモジュールを組み合わせて開発ができる「クラウド」型であれば、最短2ヶ月ほどで開発できるケースがあるのも事実です。とはいえ、実際のシステム開発スケジュールは構築したいシステムや開発工程よって大きく変動します。あくまで目安の期間となるため、動員されるエンジニア・プログラマーや予算をもとに、両者が納得する納期を設定することが大切です。