ECサイト構築に使える補助金ガイド【2025年最新】IT導入補助金など5つの補助金を解説

この記事では、ECサイト構築に活用できる補助金を2025年最新版として徹底解説します。ECサイトの運営をスタートするには、サイト制作・システム導入・環境構築など多くの費用がかかります。ECビジネスを始めたいけれども、コスト負担に懸念がある方も多いのではないでしょうか。
そこでおすすめなのが、補助金です。IT導入補助金をはじめ、ECサイト構築に使える補助金は複数あります。ぜひ活用して販売促進や業務効率化に繋げましょう。

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ECサイト構築に活用できる補助金は、大きく分け5種類あります。「事業再構築補助金」「ものづくり補助金」「小規模事業者持続化補助金」と、ITツールの導入にのみ対応する「IT導入補助金」、そして地方自治体ごとに実施されている補助金（助成金）です。それぞれ対象・補助率・補助額に違いがあるため、まずは大まかに把握しておきましょう。

以下に、各補助金の概要・特徴について詳しく解説していきます。

小規模事業者持続化補助金は、全国商工会連合会が運営する補助金で、小規模事業者等を対象に販路開拓や業務効率化への取組みにかかる経費の一部を補助するものです。
ECサイト構築に活用できる補助金は、補助対象経費の中の「ウェブサイト関連費」が該当し、販路開拓等に伴うWebサイトやECサイト等の開発・構築・更新・改修・運用の費用が該当します。

補助金が採択された場合、Webサイト関連費としては、通常枠で補助額の上限が50万円（補助率4分の1）、インボイス特例の要件を満たしている場合は、更に50万円上乗せした金額を受給することが可能です。また、 賃金引上げ特例対象事業者は、150万円の上乗せ、両特例対象事業者は200万円上乗せした金額を受け取ることができます。

出典：中小企業庁「小規模事業支援」／小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 第 17 回公募 公募要領

ものづくり築補助金は、正式名称を「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」といい、革新的なサービス開発や試作品開発、生産プロセスの改善に向けた設備投資などを支援する補助金です。
「製品・サービス高付加価値化枠（通常枠の場合）の場合、従業員数5人以下で100万円～750万円、従業員数51人以上の場合は2,500万円を上限に補助を受けることができます。

ものづくり補助金では、ECサイトに関する直接的な記載はありませんが、支援の目的に沿った事業計画の内容にECサイト構築が含まれる場合には、対象となります。対象経費は、「製品・サービス高付加価値化枠」の「機械装置・システム構築費」「クラウドサービス利用費」「専門家経費」などが該当。過去には、ECサイト制作、マッチングプラットフォームの構築、Webサイトの多言語化などが採択されています。

出典：全国中小企業団体中央会「ものづくり補助金総合サイト」https://portal.monodukuri-hojo.jp/

事業再構築補助金は、新型コロナウィルスの影響を受けた企業の支援や事業再構築の支援を目的とした補助金で、「成長分野進出枠（通常類型／GX進出類型）」と「コロナ回復加速化枠（通常類型／最低賃金類型）」、「サプライチェーン強靭化枠」の3種類に分けられます。
成長分野進出枠（通常類型）では、従業員数によって補助金額が異なり、従業員数20人以下の場合は、100万円～1,500万円（短期に大規模賃上げを行う場合は2,000万円）、101人以上の場合は最大で7,000万円の受給が可能です。

ECサイト構築のみでは申請ができませんが、新市場への進出や事業・業種転換等に伴う事業計画の一部としては申請が可能です。過去には、事業転換に伴うECサイト制作や求人ポータルサイトの構築などで採択された実績があります。

事業再構築補助金に関しては、2025年4月現在は応募を締め切っているため、活用したい場合は次回の募集開始を待ちましょう。

出典：令和７年１月 事業再構築補助金事務局「事業再構築補助金 公募要領 （第13回）」

2023年まではIT導入補助金に「デジタル化基盤導入枠」があり、こちらがECサイト構築・制作が補助の対象になっていました。2024年から「デジタル化基盤導入枠」が廃止されためECサイト構築の外注費用は対象外となりました。

一方、IT導入補助金の要件を満たしているツールに関しては補助の対象となり、例えば、ECサイト運営に必要な顧客管理システムや決済システムなどはIT導入補助金の対象です。また、ECサイトに対するセキュリティソフトも対象となるため、ツール導入には活用することができます。

  出典：TOPPAN株式会社「IT導入補助金2025年」

ECサイト構築には、全国の各自治体が提供している補助金・助成金の活用も可能です。例えば、以下のような補助金があります。

※下記の補助金は2024年までの情報です。補助金によってはすでに終了しているものがあります。
・宮城県｜中小企業等デジタル化緊急支援事業：50万円・2/3
・東京都中央区｜ECサイト活用補助金：上限6万円・1/1
・東京都足立区｜ホームページ作成・更新補助金:上限10万円・1/2
・神奈川県平塚市｜中小企業等デジタル化支援補助金・上限100万円・1/2
・愛知県瀬戸市｜瀬戸市コロナ克服販路拡大ECサイト活用補助金：上限10万円・1/2

どのような補助金が提供されているかは自治体により異なりますが、ECサイト構築に適用可能なものも多くあるため、各自治体の補助金情報をチェックしてみることをおすすめします。

中小企業庁が提供する補助金・助成金検索サイト「ミラサポplus」を活用するのもおすすめです。
中小企業・小規模事業者を対象としたさまざまな支援措置の情報を検索できます。支援制度だけでなく実際の活用事例なども掲載されており、電子申請までをサポートしてくれるのもポイント。また、「事業・業種転換等したい」「サービスの質を向上したい」など具体的なケース別のタグもあり、自社が求めている支援が分かりやすく便利です。

出展：ミラサポplus 

補助金申請の流れは以下の通りです。

申請に必要なものは補助金によってことなりますが、大まかな流れは共通しています。採択決定後の交付申請を行わない場合は辞退とみなされるので注意が必要です。

ECサイト構築はさまざまな補助金の対象となっていますが、補助金を活用する際には以下のような注意点があります。

原則返済不要なのと、補助金によっては大きな補助額が受給されるため、利用条件や審査が厳しいです。そのため、書類に不備があり、事業計画に不透明な部分が多いと不採択につながります。また、採択後にも事業実績報告が義務付けられており、成果未達成や申請時の差異がある場合は補助金の返還を求められる可能性があるため、条件やルールは把握し申請を進めましょう。

必要な書類が多く準備に時間がかかります。特に事業再構築補助金やものづくり補助金など事業計画書が必要となり、事業達成する根拠や経費が該当する理由などを記載する必要があります。また、書類に不備があると、当然ながら、不採択につながります。そのため、書類作成や準備にかかる時間を想定して申請を進めるのをおすすめします。

受給のタイミングは決められており、補助金によって異なりますが、多くは補助金の対象事業が終了し実績報告を行ったタイミングで受給されることが多いです。また、実績報告の時に成果未達成だと、返還を求められる場合があるため、注意が必要。補助金を活用する場合は受給のタイミングを考慮した資金運用も重要になります。

このように、利用のハードルは意外に高く、容易に資金を調達できるわけではない点に留意しておく必要があります。

ECサイト構築においては、当記事でご紹介した通りさまざまな補助金を適用できる可能性があります。各補助金には条件が設けられているため必ず利用できるとは限りませんが、ECサイト開設にあたっての費用負担を軽減することができるため、積極的に検討してみることをおすすめします。

ホームページ制作業者のなかには、補助金を活用した制作に積極的な業者もあり、ECサイト構築と補助金の両方を相談することも可能。アイミツでは、おすすめのホームページ制作業者とのマッチング支援を行っていますので、お気軽に相談下さい。  

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