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インフラ運用におすすめのシステム開発会社5選【2026年最新版】

更新日:2026.04.21

サーバーやネットワークといったITインフラの運用は、社内のIT環境の維持やWebサービス・アプリケーションの安定稼働に欠かせない業務です。この記事では、インフラ運用の外注におすすめのシステム開発会社を紹介します。インフラ運用のリソースでお悩みの方は、ぜひ参考にしてください。

最近の更新内容

2026.04.21 更新
システム開発の費用相場について最新情報を調査し、内容をアップデートしました。 システム開発で活用できる補助金制度の最新公募情報に基づき、内容をアップデートしました。

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インフラ運用とは

インフラ運用とは、サーバーやネットワーク、データベースなどの安定稼働・管理を目的とした業務のことです。ITインフラは「ハードウェア」と「ソフトウェア」に二分され、ハードウェアにはネットワークやサーバー、ストレージ、パソコン本体などが該当。ソフトウェアはmacOSやWindowsといったOS、アプリケーションサーバー、Webサーバーなどのことで、両者が正常かつ安定的に機能しなければ業務に大きな支障をきたすことになります。Webサービスやアプリケーションを提供している場合は、サービスの稼働にも影響を与えるでしょう。
そうしたことがないように、ITインフラが正常かつ安定的に機能するように日頃から監視・管理を行うのがインフラ業務です。

インフラ運用の主な業務

インフラ運用の主な業務は、「システムの監視」「日常的なメンテナンス」「保守へのエスカレーション(上位の管理者に対応を仰ぐ)」の3つに分かれます。
・システムの監視
ネットワークやサーバーが正常に稼働しているか監視するほか、機器や設備の稼働状況の監視やメモリの使用状況、空き容量などを確認します。ウイルスや不正アクセスといった外部からの攻撃も監視・対応しなければなりません。
・日常的なメンテナンス
システムにバグが発生した際のプログラム修正や、システムのアップデートにともなう更新に対応します。
・保守へのエスカレーション(上位の管理者に対応を仰ぐ)
システムに障害やトラブルの前兆が見られた場合には、応急処置を行うとともに速やかに保守へエスカレーションします。

インフラ運用を外注するメリット

インフラ運用は自社で行うほかに、外注することも可能です。ここからは、インフラ運用を外注するメリットを解説します。

よりコアな業務に集中できる環境を作れる

インフラ運用を内製で行う場合は専門的な知識を持つ従業員が本来の業務の合間に取り組むことになると考えられますが、インフラ運用を外注すればその従業員が本来の業務に集中できる環境づくりにつながります。
少ない人員でインフラ運用を行おうとすると業務の属人化を招きやすく、「担当者がいないと誰も何もわからない」という事態に陥ってしまう可能性もあるため注意が必要です。

プロによる質の高い運用が叶う

インフラ運用に関する豊富な経験・知識のある会社に業務を任せることで、質の高いインフラ運用が実現します。インフラ運用はシステムを安定的に稼働させるために必要不可欠な作業であり、運用の質が低いと大きなトラブルに発展する可能性も否定できません。
「社内ネットワークにつながらず、まったく仕事にならなかった」「Webサービスが停止してしまい、売り上げへの影響が懸念される」といった事態を避けるためにも、インフラ運用はプロに任せることをおすすめします。

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発注先探しのコツは?
費用や品質を比較するために複数の企業に問い合わせることが一般的です。
実際に問い合わせをした人の多くは平均4,5社見積もりをとっています。
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インフラ運用の実績が豊富なシステム開発会社2選

インフラ運用は重要な役割を担うだけに、「どの会社に任せるべきかわからない」と感じている方も多いのではないでしょうか。そうした場合には、インフラ運用の実績が豊富なシステム開発会社がおすすめです。

株式会社NTTデータ

株式会社NTTデータのシステム開発サービスのホームページ画像
出典:株式会社NTTデータ https://www.nttdata.com/jp/ja/

こんな人におすすめ ・実績豊富な会社にインフラ運用を任せたい方
・インフラ運用に関するすべての業務を任せたい方

掲載実績・事例(28件)

エヌ・ティ・ティ・データは、東京都江東区に所在するNTTグループのシステム開発会社です。システム領域のあらゆるサービスを提供しており、インフラ運用を請け負ってきた豊富な実績があります。
システム監視・障害対応からセキュリティ監視、運用最適化などインフラ運用に関する幅広い業務を任せられるのも大きな特徴。万一の障害発生時には、専門エンジニアが障害対応や原因調査などを担当する点も心強いでしょう。

予算感 要問い合わせ
設立年 1988年
従業員数 1000人以上
会社所在地 東京都江東区豊洲3-3-3豊洲センタービル
電話番号 03-5546-8202

CLINKS株式会社

CLINKS株式会社のシステム開発サービスのホームページ画像
出典:CLINKS株式会社 https://www.clinks.jp/

こんな人におすすめ ・実績豊富な会社にシステム運用を任せたい方
・自社でのシステム運用から外注に切り替えたい方

CLINKS(クリンクス)は、東京都中央区に本社を置くシステム開発会社です。一般企業にくわえ、機密保持が求められる金融機関のインフラ運用実績があります。
顧客のデータセンターにエンジニアが常駐する「オンサイト運用保守」と、障害発生時にエンジニアが現場を訪れて復旧にあたる「オンコール保守対応」から選べるのが大きな特徴。いずれも24時間365日体制で監視されているほか、他社からの引継ぎに対応している点も魅力です。

予算感 要問合せ
設立年 2002年
従業員数 500-999人
会社所在地 東京都中央区八丁堀1-10-7 TMG八丁堀ビル10F
電話番号 03-6262-8135

開発からインフラ運用まで一括で依頼できる会社3選

続いては、システム開発からインフラ運用までを一括で任せられるシステム開発会社を紹介します。

株式会社トーセ

株式会社トーセのシステム開発サービスのホームページ画像
出典:株式会社トーセ https://www.tose.co.jp/

こんな人におすすめ ・システム開発からインフラ運用まで一括で依頼できる会社をお探しの方
・インフラ運用のサービスが充実している会社に依頼したい方

京都市下京区に所在するトーセは、業務システムやスマートフォンアプリの開発、インフラ運用など幅広いサービスを提供している会社です。業務システム開発はサーバー系開発やツール開発に対応しているほか、ホームページ制作も依頼可能。インフラ運用では運用設計から障害対応、改善提案、月次レポート提出など多彩なサービスにワンストップで対応しているのが大きな特徴と言えるでしょう。

予算感 要問い合わせ
設立年 1979年
従業員数 500-999人
会社所在地 京都府京都市下京区東洞院通四条下ル
電話番号 075-342-2525

株式会社ヒューマンキャピタル

株式会社ヒューマンキャピタルのシステム開発サービスのホームページ画像
出典:株式会社ヒューマンキャピタル http://www.human-capital.jp/

こんな人におすすめ ・大型メインフレームの保守運用を依頼したい方
・システム開発からインフラ運用まで一括で依頼したい方

ヒューマンキャピタルは、東京都港区に本社を置くシステム開発会社です。業務システムからモバイル端末向けシステムの開発、ITインフラ事業まで幅広い事業を展開しています。
ITインフラ事業では小規模から大型メインフレームの保守運用まで対応が可能。Web・オープン系のシステム開発を得意としているのも特徴で、これまでに金融や製造、流通、食品など幅広い分野における開発経験があります。

予算感 要問い合わせ
設立年 1974年
従業員数 100-499人
会社所在地 東京都港区芝浦1丁目7番14号 岡家寿ビル3階
電話番号 03-3769-1211

株式会社エイペック

株式会社エイペックのシステム開発サービスのホームページ画像
出典:株式会社エイペック http://apec-japan.jp/

こんな人におすすめ ・システム開発からインフラ運用まで一括で依頼したい方
・システム運用とインフラ運用をまとめて任せたい方

新宿区新小川町に本社を置くエイペックは、システム開発からITインフラの設計・構築、インフラ運用までをトータルで提供している会社です。
業務システム開発の上流工程から保守運用までワンストップで対応しており、製造業や小売業の産業システムや金融関連業のシステム開発経験も豊富。サーバーやネットワーク、データベースなどのインフラ運用はもちろん、システム運用が任せられるのも魅力と言えるでしょう。

予算感 要問い合わせ
設立年 1988年
従業員数 30-99人
会社所在地 東京都新宿区新小川町5-1 ニューリバー51ビル5階
電話番号 03-6280-8213

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インフラ運用を外注する時の注意点

ここからは、インフラ運用を外注するシステム開発会社を選ぶ際の注意点を解説します。

インフラ運用に関する資格保有者が在籍しているか

インフラ運用は重要な業務であることから、外注の際は契約前に担当者の経験やスキルを把握しておく必要があります。インフラ運用に関する資格保有者の在籍有無は、1つの判断基準になると言えます。以下の資格保持者の在籍する会社なら、安心して任せられるのではないでしょうか。
・ネットワークスペシャリスト試験
・データベーススペシャリスト試験
・情報セキュリティマネジメント試験
・応用情報技術者試験
・AWS認定

情報取り扱いポリシーを確認する

インフラ運用を外注するということは、個人情報をはじめとするさまざまなデータを任せるということでもあります。外注先が適切に情報を扱わなかった際に、取引先や消費者からの信頼を失うことになるのは発注元となるため、情報漏えいのリスクを最小限に抑えなければなりません。
契約を締結する前には、必ず情報取り扱いポリシーを確認するようにしましょう。

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システム開発の費用相場

システム開発の費用相場は、開発目的や要件によって大きく変動します。たとえば、業務支援システムは100万〜700万円、Webシステムは50万〜500万円程度で構築できるケースが多く、比較的低コストで導入可能です。
一方で、ERPなどの基幹システムは3,000万円〜数億円、医療・ヘルスケアシステムも2,000万〜8,000万円と高額になりやすく、要件の複雑さや安全性への対応が費用を押し上げます。

また、同じカテゴリでもパッケージ導入かフルスクラッチ開発か、外部連携やカスタマイズの有無によって費用は大きく上下します。相場はあくまで目安として捉え、自社の目的と必要機能に応じて適切な投資額を見極めることが重要です。

種類別の開発費用相場

以下では、システムの種類(開発目的)別に費用相場を一覧で整理しています。

システム種別 費用相場 開発期間 種類・目的
業務支援システム
100万〜700万円 3ヵ月〜6ヵ月 ・勤怠管理
・顧客管理(CRM)
・予約管理
・在庫管理
Webシステム 50万~500万円
※小規模〜中規模の場合
1ヵ月~6ヵ月 ・LPサイト
・ECサイト(小規模)
・ポータルサイト
基幹システム 3,000万〜数億円 6ヵ月〜1年以上 ・ERP(統合基幹業務)
・SCM(サプライチェーン管理)
・MES(製造実行システム)
Excel業務の
システム化
100万~2,500万円 1ヵ月~6ヵ月 ・基幹システム連携ツール
・RPA/業務自動化システム
先端技術・専門
システム
500万~3,000万円 3ヵ月~10ヵ月 ・AI/機械学習システム
・SaaS/サブスクサービス
医療・ヘルスケア
システム
2,000万~8,000万円 6ヵ月~20ヵ月 ・電子カルテシステム
・医療情報連携システム

より詳しいシステム開発の費用相場や具体的な見積もり事例、費用の算出方法などは以下の記事にて解説しています。ぜひこちらもご覧ください。

種類別に費用相場を把握したうえで、次に重要となる開発手法による違いも紹介します。

開発手法別の費用相場

システム開発費用は「スクラッチ開発」「パッケージ導入」「ノーコード・ローコード活用」などの開発方法があり、自由度が高いほど高額、既存活用が多いほど低コストになる傾向があります。

同じ機能要件でも、どの手法を選ぶかによって初期費用・開発期間・保守性が大きく異なるため、自社の目的と予算に応じた選定が重要です。

開発手法 費用相場 開発期間 特徴
スクラッチ開発
(フルオーダー)
300万円〜数千万円以上 3ヵ月〜1年以上 完全オリジナル開発。
自由度が高いがコスト・期間ともに最大
パッケージ導入・カスタマイズ 100万円〜1,000万円程度 1ヵ月〜6ヵ月 既存システムをベースに、
必要な部分のみカスタマイズ
ノーコード・ローコード開発 10万円〜300万円程度 数週間〜3ヵ月 開発ツールを活用し、
短期間・低コストで構築可能
SaaS導入
(クラウドサービス)
初期費用0〜50万円
+月額数万円〜
数日〜1ヵ月 既存サービスをそのまま利用。
初期費用は低いが月額課金が継続する

種類別と開発手法別にシステム開発の費用相場を解説しましたが、より正確な費用を知りたい方は料金シミュレーターをご利用ください。

システム開発に使える最新の補助金・助成金

システム開発には、要件定義から運用までを見据えた一定の投資が必要であり、中小企業やスタートアップにとっては初期費用が導入の障壁になりがちです。その負担を軽減する手段が、国や自治体の補助金制度といえるでしょう。活用すれば数十万〜数百万円規模でコスト削減が見込めます。

本記事では、システム開発に活用できる補助金を4つ厳選して紹介します。申請は契約前が原則のため、要件やスケジュールを事前に確認してください。

システム開発に使える主な補助金の種類と補助額
補助金の名称 最大補助額 対象となる経費
ものづくり補助金
(製品・サービス高付加価値化枠)
750万~2,500万円
※従業員数により上限額が変動
※補助下限額は100万円
機械装置・システム構築費、専門家経費
クラウドサービス利用費 など
※新製品・新サービスの開発を伴わない場合は補助対象外
デジタル化・AI
導入補助金
(通常枠)
・1プロセス以上:150万円
・4プロセス以上:450万円
※プロセス=ITツールが対応する業務工程の数
ITツール(ソフトウェア、クラウドサービス)
の導入費 など
小規模事業者
持続化補助金
(通常枠)
50万円
※給付金の上乗せ条件あり
システム、ECサイト、Webサイトの
開発・構築・更新・改修・運用経費 など
中小企業
新事業進出補助金
2,500万~9,000万円
※従業員数により上限額が変動
※賃上げの有無でも上限額が変動
※補助下限額は750万円
機械装置・システム構築費
専門家経費、クラウドサービス利用費 など

ものづくり補助金

ものづくり補助金は、革新的なサービス開発や試作品開発、生産プロセスの改善に向けた設備投資などを支援する補助金です。中小企業や小規模事業者、個人事業主が対象となっています。
製品・サービス高付加価値化枠(通常枠)の場合、従業員数5人以下で100万円~750万円、従業員数51人以上の場合は2,500万円を上限に補助を受けることが可能。ほかにも、海外事業を通じて国内生産性向上を図るための設備・システム投資を支援するグローバル枠の場合、3,000万円が補助上限額となっています。
両枠とも、補助率は中小企業1/2、小規模企業・小規模事業者及び再生事業者2/3です。

※公募回数は年2~3回程度(2026年4月21日時点の情報)

出典:全国中小企業団体中央会「ものづくり補助金総合サイト」

デジタル化・AI導入補助金(旧:IT導入補助金)

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者を対象にITツールやAIの導入によって業務効率化・生産性向上・DX推進を図るための補助金制度です。「通常枠」「複数者連携デジタル化・AI導入枠」「インボイス対応枠」「セキュリティ対策推進枠」など複数の種類があり、目的や導入内容に応じて活用できます。
特に「通常枠」では、会計ソフトや受発注管理、顧客管理などのITツール導入に加え、クラウド利用料(最大2年分)や導入支援費用も補助対象となります。補助額はITツールの業務プロセス数に応じて変動し、1〜3プロセスで5万〜150万円、4プロセス以上で150万円〜450万円が目安です。補助率は中小企業で1/2、最低賃金近傍の事業者は2/3となります。

※公募回数は年6〜8回程度(2026年4月21日時点の情報)

出典:中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は全国商工会連合会が運営する補助金で、販路開拓や業務効率化への取組みにかかる経費の一部を補助するものです。中小企業の中でも「小規模」に該当する事業者(個人事業主含む)が対象で、従業員数など一定の要件を満たす必要があります。

通常枠の補助上限は50万円で、補助率は原則2/3です。なお、業務システムの開発などは「ウェブサイト関連費」として扱われ、補助金交付申請額全体の1/4が上限となります。また、インボイス特例の要件を満たす場合は補助上限が50万円上乗せ、賃金引上げ特例対象事業者は150万円の上乗せといった条件も用意されています。

※公募回数は年2回程度(2026年4月21日時点の情報)

中小企業新事業進出補助金

中小企業新事業進出補助金は、既存事業とは異なる新商品・新サービスや新たな販路への進出を支援するものです。対象者は中小企業者・小規模事業者で、創業1年未満や従業員0名、みなし大企業等は対象外となります。新規事業の中核となるシステム・ソフトウェア開発についても、要件を満たせば補助対象となります。

補助上限額については従業員規模に応じてが異なり、従業員20人以下で最大2,500万円(賃上げを実現できそうであれば特例で3,000万円)、21〜50人で最大4,000万円(同5,000万円)、51〜100人で最大5,500万円(同7,000万円)、101人以上で最大7,000万円(同9,000万円)までの補助を受けられます。補助率は原則 1/2で、賃上げを行う場合は2/3です。

※公募回数は年3回程度(2026年4月21日時点の情報)

⇩補助金について、さらに詳しい情報を知りたい方は以下の記事をご覧ください。

不採択や機会損失を防ぐために、申請スケジュールと必要書類の準備を徹底しよう

補助金を活用するうえで重要なのは、規定に沿った正確な申請を行うことです。不備や記載漏れがあると不採択となり、想定していた予算を確保できず、システム開発自体が進まないリスクがあります。

また、申請は書類や記入項目が多く、スケジュール管理が不十分だと期限超過で機会を逃す可能性もあるでしょう。一度逃すと数ヶ月待つ必要があります。

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【まとめ】インフラ運用の依頼先選びで迷ったらアイミツへ

インフラ運用を外注する会社を選ぶには、各社の特徴を把握し、自社の目的やニーズに合った会社を見つけることが大切です。
「アイミツ」では、経験豊富なコンシェルジュがご希望をおうかがいした上で、条件に合うシステム開発会社を無料で紹介しています。インフラ運用の外注を検討中の方は、お気軽にお問い合わせください。

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