電子カルテの導入費用相場｜当社取引事例や補助金についても解説【2026年最新版】

病院やクリニックで活用されている電子カルテは、現場の効率化や医療の質向上につながる仕組みとして注目されています。日本政府も医療DXの一環として、2030年までに電子カルテの普及率を100％にすることを目標に、導入を後押しする施策を進めています。しかし、「電子カルテの導入費用が分からない」「費用が高額になってしまうのではないか」といった不安から、導入に踏み切れない医療機関も少なくありません。

そこで今回、60万件以上の企業間受発注のマッチング実績を誇る当社の取引データを調査。より実態に即した電子カルテの導入費用相場を解説します。実際の取引事例もご紹介するので、適正料金を確かめるためにぜひご活用ください。

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電子カルテの導入費用相場は、オンプレミス型で初期費用200万～500万円程度、運用コストで数万～数十万円、クラウド型の場合は初期費用無料～数十万円程度で、運用コストは月額2万～4万円が目安です。導入形態によってコスト構造が大きく異なるため、自院の規模や運用スタイルを踏まえて形態を比較・検討することが望ましいでしょう。

以下からは、オンプレミス型とクラウド型のそれぞれの費用相場と特徴について解説します。

オンプレミス型の電子カルテは、院内にサーバーやネットワーク機器を設置し、自院でシステムを管理・運用する方式です。高い自由度やカスタマイズ性、院内完結による安定稼働が特徴ですが、その分ハードウェアや保守体制の整備が必要となります。
以下からは、オンプレミス型の導入にかかる費用相場を、初期費用と運用コストに分けて解説します。それぞれどの工程や設備に費用が発生するのかを押さえることで、導入時の見積もり精度を高めることができるでしょう。

オンプレミス型の初期費用は、200万～500万円程度が一般的な相場です。主な内訳として、まず院内に設置するサーバー機器やストレージ、バックアップシステムなどのハードウェア費用が大きな割合を占めます。さらに、電子カルテ本体のライセンス費、ネットワーク構築、セキュリティ対策、周辺機器の導入も必要です。
また、既存データを取り込むためのデータ移行作業、院内オペレーションに合わせたカスタマイズ、現場スタッフ向けの操作研修なども初期費用に含まれることもあります。これらの工程が多岐にわたるため、クラウド型と比べて初期投資が高額になりやすい点が特徴です。

オンプレミス型の運用コストは、月額数万～数十万円程度が一般的です。運用段階では、院内に設置したサーバーやネットワーク機器を継続的に稼働させるための「維持管理」に費用が発生します。
具体的には、機器の保守契約、電子カルテやOSのアップデート対応、障害発生時の復旧作業、バックアップデータの管理などが挙げられます。また、機器の老朽化に伴う交換費や性能向上のための増設費用が必要となる場合もあるでしょう。
さらに、セキュリティ対策やウイルス対策ソフトの更新、医療機関向けのサポートサービスを利用するケースでは追加費用が生じることがあります。結果として、オンプレミス型はクラウド型よりも継続的な運用コストが高くなりやすい点が特徴です。

クラウド型の電子カルテは、サーバーを院内に設置せず、インターネット経由でシステムを利用する方式です。機器の導入が最小限で済むため、初期費用を抑えられる点が大きな特徴です。また、アップデートや保守管理はベンダー側が担当するため、院内での管理負担も軽くなります。
以下では、クラウド型の導入費用を初期費用と運用コストに分けて整理し、それぞれどのような項目に費用が発生するのかを解説します。

クラウド型の初期費用は無料～数十万円が一般的です。サーバー機器の購入が不要なため、費用の中心は電子カルテの初期設定、アカウント発行、基本的な環境構築などの導入作業になります。また、紙カルテや旧システムからのデータ移行が必要な場合は、その作業費が追加で発生することもあります。オンプレミス型と異なり大規模な設備投資がいらないため、比較的導入ハードルが低い点が特徴です。

クラウド型の運用コストは、月額2万～4万円程度が目安です。費用の中心は、電子カルテの利用料とベンダーによる保守やアップデート提供に対するサブスクリプション費用です。また、必要に応じてストレージ容量の追加やオプション機能を利用する場合は、その分の月額費が加算されることもあります。サーバー管理や機器保守が不要なため、オンプレミス型と比べて運用負担とコストを抑えやすい点が特徴です。

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電子カルテの導入や運用費用は、導入形態以外にも以下の要素でも変動します。それぞれ詳しく解説していきます。

「レセコン」とは、「レセプトコンピュータ」の略称で、医療機関が診療報酬請求（レセプト）を作成・提出するための専用システムです。電子カルテを導入する際、このレセコンを「一体型」と「分離型」のどちらで構成するかが、費用や運用負荷に大きく影響します。それぞれの特徴と、どのように費用に影響してくるのかを解説します。

レセコン一体型は、電子カルテとレセプト機能が同一システム内で動作する方式です。連携調整が不要で運用はシンプルですが、機能が統合されている分、初期費用・月額費用ともに高くなる傾向があります。
また、選べるベンダーの種類も限られるため、自院の業務フローに合わせた細かな機能調整が必要な場合は、カスタマイズ費がかさむケースもあるでしょう。コストは上がりやすいものの、請求処理の効率化や入力負担軽減のメリットがあります。

レセコン分離型は、電子カルテとレセコンを別システムとして導入する方式です。電子カルテ単体での導入が可能なため、初期費用を比較的抑えやすい点が特徴です。
また、電子カルテとレセコンを異なるベンダーから選べるため、機能や価格の最適化がしやすいメリットがあります。ただし、両システム間連携の設定費やデータ整合性の確認作業が必要となる場合があり、運用時の手間が増えるケースもあります。

電子カルテ導入のオンプレミス型の場合、レセコン一体型と分離型を選定できます。また、オンプレミス型で、新たにレセコンを一緒に導入する場合の費用は、初期費用として150万～200万円かかるのが相場です。
一方、クラウド型は、レセコンもクラウド型電子カルテに組み込まれた「一体型」が主流です。そのため導入費用は比較的抑えられ、月額課金で利用できる点が特徴と言えます。

電子カルテはシステム本体だけで運用できるわけではなく、診察室ごとのPCやモニター、プリンター、スキャナー、タブレット端末、バックアップ用の外付けストレージなど、多様な機器が必要になります。特にオンプレミス型ではサーバー機器やネットワーク機器の導入も必要となり、機器構成が増えるほど初期費用が高額になりやすい点が特徴です。
一方、クラウド型では大規模な機器投資は不要ですが、院内端末の台数やスペックによって費用が変わります。周辺機器は「どの業務をどの部屋で行うか」によって必要数が変わるため、事前に運用フローを整理しておくことが重要です。

電子カルテの導入費用は、導入時および導入後のサポート体制の有無によって大きく変わります。導入時には、操作説明、初期設定などのサポートを受けるかどうかで費用が追加される場合があるでしょう。
さらに稼働後も、問い合わせ対応、障害時の復旧、アップデート対応などのメンテナンス契約を結ぶかによって、月額や年額のコストが変動します。オンプレミスでは保守業務が多くなるため契約費が高くなりやすく、クラウド型は運用をベンダー側が担う分、比較的低コストでサポートを利用できる点が特徴です。

電子カルテは標準機能だけで運用できる場合もありますが、自院の診療科や業務フローに合わせて画面レイアウトや入力項目、帳票類をカスタマイズするケースも多くあります。カスタマイズを行う場合、設計作業やテスト、追加開発が必要となるため、その分の費用が加算されます。
特にオンプレミス型は自由度が高い反面、カスタマイズ費が高額になりやすい傾向があります。一方、クラウド型は対応範囲が限定されるものの、設定変更ベースで済む場合は費用を抑えられるでしょう。必要な機能と予算のバランスを見極めることが重要です。

電子カルテ導入時には、既存の紙カルテや旧システムからデータを移行する作業が発生します。この「データ移行」の有無や範囲によって費用が大きく変動するでしょう。
紙カルテのスキャン枚数が多い場合や、旧電子カルテから診療情報や検査データ、画像データを抽出して取り込む必要がある場合は、作業量が増えるため費用が高くなります。また、データ形式の違いによる変換作業や、移行後の整合性チェックにもコストが発生。クラウド型・オンプレミス型いずれでも必要となる作業ですが、特に長年運用した既存システムからの移行は時間と費用がかかりやすいため、事前の見積もりが重要です。

電子カルテは、利用する職種や端末の数によって必要なライセンス数が変わり、その構成が全体の費用に影響します。ライセンスは、医師や看護師、事務スタッフなどがシステムを利用するために必要なもので、人数が増えるほど初期費用や月額費用が上昇します。
特にオンプレミス型では、利用者が多いほどサーバー性能やネットワーク設備も拡張が必要になり、機器費用が追加されるケースがあります。一方、クラウド型は1ユーザー単位で追加できることが多く、必要に応じて柔軟に拡張できる点が特徴。今後の増員を見据えたライセンス設計が重要です。

電子カルテは、単体で運用するのではなく、レセコン、検査機器、画像診断システム（PACS）、予約システムなど、院内外のさまざまなシステムと連携させることで機能を最大限に発揮します。しかし、この連携にはシステム間の接続設定やデータ連携のための開発作業が必要となり、追加費用が発生する場合があります。
特にオンプレミス型では機器構成が複雑になりやすく、連携設定に時間とコストがかかる傾向があります。一方、クラウド型は連携可能なサービスが事前に用意されていることも多く、比較的スムーズに導入できるケースもあるでしょう。運用に必要な連携範囲を事前に整理しておくことが重要です。

ここからは、当社PRONIアイミツの2020年1月～2025年10月における電子カルテや医療システム開発の取引事例を実際の見積もり内容と共にご紹介します。

利用している電子カルテのシステム環境が老朽化しているため、リニューアルを行った料金は42万5,000円（税別）でした。リニューアルに伴い、ログイン後の操作を随時記録できる機能を追加した事例です。

クリニック立ち上げに際し、検査結果を確認できる会員制のサイトのシステム開発を行った料金は、242万4,400円（税込）でした。検査会社よりCSVデータを受け取り、会員制の検査結果サイトにインポートするシステムの開発事例です。

医療事業サービス開始に伴い、レントゲン撮影を病院間で依頼し、撮影したレントゲン画像を送受信できるシステムを開発した際の料金は、273万5,003円（税別）でした。レントゲン撮影できる病院を50件程度登録し、病院間でレントゲン撮影依頼をできる機能やレントゲン画像の送受信、メッセージの添付、医療情報や個人情報の管理機能などを備えたシステムの開発事例です。

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ここからは、おすすめのクラウド型電子カルテをご紹介します。実際の料金表も紹介するので、クラウド型の電子カルテ選びでお悩みの方は、ぜひ参考にしてください。

「エムスリーデジカル」は、AIを活用した自動学習機能により、入力時間を80%もカットできるクラウド型電子カルテシステムです。レセコン一体型、分離型から選ぶことができ、レセコン一体型は初期費用無料で月額2万4,800円（税別）。別のレセコンを使用し電子カルテ単体で導入する場合は、月額1万1,800円（税別）です。また、サポートプランも別途依頼できます。
⇩「エムスリーデジカル」の詳しい機能や費用は、以下をご確認ください。

「CLIUS（クリアス）」は、カルテの見やすさが魅力のクラウド型電子カルテシステムです。オンライン診療機能も搭載された便利なシステムとして多くの人気を集めています。
電子カルテとレセコン一体型の「CLIUS Direct プラン」なら、初期導入費用無料で月額1万9,800円で利用できます。基本的な設定などは、自社で対応する必要がありますが、問い合わせのフリーダイアルなどは利用可能。最短5日で利用できるのも魅力と言えるでしょう。レセコンを含まない電子カルテのみの基本プランは、月額1万2,000円、初期導入費用20万円からです。
⇩「CLIUS（クリアス）」の詳しい機能や費用は、以下をご確認ください。

「きりんカルテ」は、シンプルで使いやすく、外来診療・在宅診療のどちらにも活用できるクラウド型電子カルテシステムです。日本医師会ORCA管理機構の提供しているレセプトソフト「WebORCA」と連動しています。
電子カルテシステム自体の利用料金は無料で、必要となるのはWebORCAの初期設定費用や導入サポート費用、保守サポート費用のみ。初期費用は30万円（税別）～と、費用を抑えながら電子カルテを導入したい場合には助かるでしょう。
⇩「きりんカルテ」の詳しい機能や費用は、以下をご確認ください。

⇩クラウド型電子カルテのランキングを以下で詳しく確認できます。ぜひご覧ください。

電子カルテの導入費用は、システム形態や機能構成、機器数などによって大きく変動します。しかし、ポイントを押さえて準備すれば、初期費用や運用費用の双方を抑えることが可能です。ここからは、電子カルテの導入費用を最適化するための具体的な方法を解説します。

電子カルテの費用は、搭載する機能の範囲によって大きく変わります。予約管理、在庫管理、画像ビューアなど、多機能型を選ぶほど初期費用や月額費用が上がるため、まずは「自院の診療で本当に必要な機能」を明確にすることが重要です。
不要なオプションを省くことで、導入費用を大幅に抑えられます。また、将来的に必要になる機能は、後から追加できるかどうかも事前に確認しておくと安心でしょう。

費用を抑えたい場合、クラウド型を検討することも効果的です。クラウド型は院内にサーバーを設置する必要がないため、初期費用が無料～数十万円と低く、保守やアップデートもベンダー側が担当するため運用コストを抑えられます。
また、端末があればすぐに利用できるため、機器導入数も少なくて済みます。オンプレミス型と比べて長期的なコストが見えやすく、規模の小さなクリニックでも導入しやすい点がメリットです。

電子カルテ導入時には、診察室のPC、プリンター、スキャナー、タブレットなどの周辺機器が必要になります。新規購入が多いほど初期費用は増えますが、既存の機器をそのまま活用できれば投資を大きく抑えることが可能です。特にクラウド型は高性能サーバーが不要なため、院内PCが基準スペックを満たしていればそのまま利用できます。事前に既存機器の性能を確認し、買い替えを最小限に抑えることが重要です。

電子カルテの導入費用を抑える上で、補助金や助成金の活用は非常に有効です。医療DX推進の流れから、クリニックを対象とした導入支援制度が拡充しており、タイミング次第では初期費用の大部分を補填できる場合もあります。補助金は申請期間や要件が細かく設定されているため、早めに制度情報を確認し、導入スケジュールと照らして検討することが重要です。適切に活用することで実質負担を大幅に減らせます。
以下の章で、電子カルテの導入で活用できる補助金や助成金についてまとめています。ぜひ参考にしてください。

システム開発には、要件定義から運用までを見据えた一定の投資が必要であり、中小企業やスタートアップにとっては初期費用が導入の障壁になりがちです。その負担を軽減する手段が、国や自治体の補助金制度といえるでしょう。活用すれば数十万〜数百万円規模でコスト削減が見込めます。

本記事では、システム開発に活用できる補助金を4つ厳選して紹介します。申請は契約前が原則のため、要件やスケジュールを事前に確認してください。

ものづくり補助金は、革新的なサービス開発や試作品開発、生産プロセスの改善に向けた設備投資などを支援する補助金です。中小企業や小規模事業者、個人事業主が対象となっています。
製品・サービス高付加価値化枠（通常枠）の場合、従業員数5人以下で100万円～750万円、従業員数51人以上の場合は2,500万円を上限に補助を受けることが可能。ほかにも、海外事業を通じて国内生産性向上を図るための設備・システム投資を支援するグローバル枠の場合、3,000万円が補助上限額となっています。
両枠とも、補助率は中小企業1/2、小規模企業・小規模事業者及び再生事業者2/3です。

※公募回数は年2～3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：全国中小企業団体中央会「ものづくり補助金総合サイト」

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者を対象にITツールやAIの導入によって業務効率化・生産性向上・DX推進を図るための補助金制度です。「通常枠」「複数者連携デジタル化・AI導入枠」「インボイス対応枠」「セキュリティ対策推進枠」など複数の種類があり、目的や導入内容に応じて活用できます。
特に「通常枠」では、会計ソフトや受発注管理、顧客管理などのITツール導入に加え、クラウド利用料（最大2年分）や導入支援費用も補助対象となります。補助額はITツールの業務プロセス数に応じて変動し、1〜3プロセスで5万〜150万円、4プロセス以上で150万円〜450万円が目安です。補助率は中小企業で1/2、最低賃金近傍の事業者は2/3となります。

※公募回数は年6〜8回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金」

小規模事業者持続化補助金は全国商工会連合会が運営する補助金で、販路開拓や業務効率化への取組みにかかる経費の一部を補助するものです。中小企業の中でも「小規模」に該当する事業者（個人事業主含む）が対象で、従業員数など一定の要件を満たす必要があります。

通常枠の補助上限は50万円で、補助率は原則2/3です。なお、業務システムの開発などは「ウェブサイト関連費」として扱われ、補助金交付申請額全体の1/4が上限となります。また、インボイス特例の要件を満たす場合は補助上限が50万円上乗せ、賃金引上げ特例対象事業者は150万円の上乗せといった条件も用意されています。

※公募回数は年2回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 公募要領

中小企業新事業進出補助金は、既存事業とは異なる新商品・新サービスや新たな販路への進出を支援するものです。対象者は中小企業者・小規模事業者で、創業1年未満や従業員0名、みなし大企業等は対象外となります。新規事業の中核となるシステム・ソフトウェア開発についても、要件を満たせば補助対象となります。

補助上限額については従業員規模に応じてが異なり、従業員20人以下で最大2,500万円（賃上げを実現できそうであれば特例で3,000万円）、21〜50人で最大4,000万円（同5,000万円）、51〜100人で最大5,500万円（同7,000万円）、101人以上で最大7,000万円（同9,000万円）までの補助を受けられます。補助率は原則 1/2で、賃上げを行う場合は2/3です。

※公募回数は年3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：独立行政法人 中小企業基盤整備機構「中小企業新事業進出補助金」

⇩補助金について、さらに詳しい情報を知りたい方は以下の記事をご覧ください。

補助金を活用するうえで重要なのは、規定に沿った正確な申請を行うことです。不備や記載漏れがあると不採択となり、想定していた予算を確保できず、システム開発自体が進まないリスクがあります。

また、申請は書類や記入項目が多く、スケジュール管理が不十分だと期限超過で機会を逃す可能性もあるでしょう。一度逃すと数ヶ月待つ必要があります。

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ここまで、電子カルテの導入費用相場やコストを抑えるポイント、補助金制度について見てきましたが、電子カルテの導入を検討すべきタイミングは迫ってきていると言えます。

現在の日本における電子カルテの普及状況をみると、2023年時点で一般病院における普及率が65.6％、一般診療所では55.0％となっています。※1 国としては、医療DX令和ビジョン2030などを通じて、2030年までにすべての医療機関において患者の医療情報を共有可能な電子カルテを整備することを目指しています。※2

こうした方針の一方で、導入初期費用の大きさや、現場での操作習熟の負担、紙カルテからの移行に伴う業務調整の難しさなど、医療機関が抱える課題も依然として存在します。ただ、電子カルテの導入は診療情報の検索や共有の迅速化、業務効率化、医療の質や安全性向上といった効果が期待でき、医療DX実現の基盤でもあるのです。
国全体として電子カルテ普及を強力に推進していく流れにあることを踏まえると、まだ導入していない病院やクリニックでは、費用相場や補助金、コスト削減のポイントを押さえながら、早期に導入検討を進めていくことが現実的な選択肢と言えるでしょう。

※1 および画像出典：厚生労働省「電子カルテシステム等の普及状況の推移」
※2参考：厚生労働省「電子処方箋・電子カルテの目標設定等について」

今回は、電子カルテの導入費用について、オンプレミス型やクラウド型などの導入形態別に解説すると共に、当社PRONIアイミツで実際に取引のあった電子カルテや医療システム開発の発注事例もご紹介しました。また、クラウド型でおすすめの電子カルテも厳選しています。電子カルテの導入費用やどのシステムを選べばいいかお悩みの方は、ぜひ参考にしてください。

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