システム開発で使える補助金ガイド【2026年最新版】注意点や種類を徹底比較

システム開発の費用相場は、基幹システムの場合は250万～3,000万円程度、業務支援システムの場合は60万～920万円程度、Webシステムの場合はシステムの種類によりますが40万～600万円程度かかるとされています。要件によってはフルスクラッチ開発での高度なカスタマイズが必要となるため、費用が大幅に増加し数千万円規模になることもあります。

そうした際に頼りになるのが、国や自治体の補助金・助成金です。
今回はシステム開発に利用できる4種類の中小企業向け補助金制度をピックアップし、それぞれ対象や補助額などを詳しく解説していきます。

参考記事：システム開発の費用相場は？コスト内訳や安く抑える方法も解説【見積り実例有】

システム開発に利用できる補助金は、ものづくり補助金、IT導入補助金、小規模事業者持続化補助金、事業再構築補助金の4種類です。

給付上限3,000万円と高く設定されている補助金で、審査のハードルも高いのがネック。
制度として革新的なプロダクト・事業を創出することに主眼が置かれているため、「売り上げを伸ばすためにシステム開発する」「システムによって自社の業務効率をアップさせる」といった理由だけでは採択されないケースが多いようです。

＜最新情報や更なる詳細を知りたい方は「ものづくり補助金」公式サイトへ＞

最大450万円の給付を受けられるIT導入補助金は、指定のITツールの導入を検討している方におすすめです。また、申請はノウハウもある指定業者と連携して行うのもポイント。
募集要項をきちんとチェックしたうえで不備のないよう準備すれば、オンラインからスムーズに申請できます。  

＜最新情報や更なる詳細を知りたい方は「IT導入補助金」公式サイトへ＞

小規模事業者持続化補助金の補助上限は50万円（補助率は2/3、賃金引上げ特例のうち赤字事業者は3/4）です。また、インボイス特例の要件を満たす場合50万円上乗せ、賃金引上げ特例の要件を満たす場合は50万円上乗せ、どちらの要件も満たす場合は、200万円上乗せとなります。ほかの補助金と比べて採択率が少し高い点も見逃せないポイントです。

＜最新情報や更なる詳細を知りたい方は「小規模事業者持続化補助金」公式サイトへ＞

売り上げの減少や従業員数などの条件を満たす場合には、最大補助額がなんと1億5,000万円の事業再構築補助金がおすすめです。
ウィズコロナ時代の経済社会の変化に対応する企業を支援するために、2021年3月に始まった新しい補助金です。いつまで続くかは不透明ですが、補助額も大きいので条件に該当する方は申請してみるといいでしょう。

＜最新情報や更なる詳細を知りたい方は「事業再構築補助金」公式サイトへ＞

1つのシステム開発で利用できる補助金は1種類のみで、複数の補助金を併用することは原則できません。
そのため、目的に沿った最適な補助金を選択する必要があります。

補助金選びは、まず自社の開発テーマや課題に合致するものを探すことから始まります。経済産業省や自治体など、様々な機関が提供する補助金の目的や対象、金額、申請期間を比較検討しましょう。単に補助金額が大きいものを選ぶのではなく、事業の成長戦略に沿っているか、採択の可能性が高いかどうかといった視点も重要です。初めて補助金を申請するという場合は、過去の採択事例や公募要項の確認はもちろんのこと、専門家への相談も不可欠です。

ここからは、それぞれの補助金の詳細を更に詳しく徹底解説していきます。

ものづくり補助金（正式名称：ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金）は、中小企業庁による補助金制度で、中小企業や小規模事業者、個人事業主を対象に、新製品開発や作業効率化などに必要な設備・システムの導入を支援。補助上限額は、100万円～最大3,000万円です。

ものづくり補助金は業種ごとに対象が定められています。

そのほか、以下の4つの基本要件を満たすことなどが定められています。
※基本要件①～③を全て満たす補助事業終了後3～5年の事業計画を策定。かつ従業員数21名以上の場合は基本要件④も満たすことが条件

ものづくり補助金の給付額は支援枠によって異なります。こちらでは、「製品・サービス高付加価値化枠」の補助額と補助率をご紹介します。

なお補助率は、中小企業が1/2で小規模事業者と小規模事業者及び再生事業者が2/3に設定されています。

また、「製品・サービス高付加価値化枠」「グローバル枠」の双方において、「大幅な賃上げに係る補助上限額引上げの特例措置」が用意されています。

2025年4月現在募集されている19次公募の申請スケジュールは以下の通りです。

出典：ものづくり補助事業公式ホームページ

補助金や助成金を活用してシステム開発を依頼をする場合は、発注先も申請などの経験がある企業を選ぶとより安心です。補助金に対応できるシステム開発会社一覧の中から探してみるのがおすすめです。

それでは次に、システム開発に活用できる「IT導入補助金」について説明していきます。
「IT導入補助金」は、ITツールの導入による企業の業務効率化、売り上げアップを目的とする補助金制度です。経済産業省の管理のもと、現在はTOPPAN株式会社が運営しています。

IT導入補助金は中小企業や小規模事業、スタートアップ・ベンチャー企業などを対象にしており、業種ごとに資本金と従業員数（常勤の人数）の上限が定められています。補助の対象となるのは、以下の通りです。

※複数社連携IT導入類型については、公式サイトにてご確認ください。

また、補助の対象となるのは、以下の通りです。

システム開発にIT導入補助金を利用する場合、給付額はシステムの目的・役割（＝業務プロセス）に応じて大きく3つに分けられます。

ここからは、2025年4月現在公開されているIT導入補助金の申請スケジュールを紹介します。

「複数社連携IT導入枠」については、1次締め切りのみ発表。日程は他の枠と同日です。なお、締切日以外は全て「予定」の日程とされています。

T導入補助金は毎年春頃から複数回の締切が設けられています。期間内に決算書や事業計画書、納税証明書を準備し、申請フォーマットとあわせてオンライン（事務局のwebサイト）から申請しましょう。申請の締め切りからおおむね1ヵ月後に採択結果（給付の可否）の通知が届きます。

※出典：IT導入補助金2025：https://it-shien.smrj.go.jp/

2023年4月時点で公表されている最新の申請件数と交付決定件数は以下の表の通りです。
※こちらの採択率は2023年までのデータです。一部補助金の支援枠が異なります。

申請数によってばらつきはありますが、いずれの締切でも採択率はA類型で概ね50%、B類型で40％で推移しています。

これまでに多数の企業がIT導入補助金を活用して、業務効率化や売上アップにつなげてきました。
例えば創業150年以上の歴史を持つ老舗酒造会社が、IT導入補助金を活用してクラウド型勤怠管理システムを導入。結果、労務担当者の集計業務などがなくなり、管理関連業務にかかる時間が約80％削減できました。※1

出典：IT導入補助金2022　
事例（※1）：https://www.it-hojo.jp/h30/doc/pdf/h30_whychooseit.pdf

補助金や助成金を活用してシステム開発を依頼をする場合は、発注先も申請などの経験がある企業を選ぶとより安心です。補助金に対応できるシステム開発会社一覧の中から探してみてはいかがでしょうか。

小規模事業者持続化補助金は、経済三団体の1つである日本商工会議所が運営している補助金制度で、「一般型」「創業型」「共同協業型」「ビジネスコミュニティ型」の4つの型があり、更に一般型では、「通常枠（インボイス特例、賃金引上げ特例）」「災害支援枠」が設けられています。
小規模事業者持続化補助金（一般型・通常枠）では、補助対象経費として8つの項目が設定されており、このうちシステム開発に関連する費用は、「ウェブサイト関連費」に該当します。

出典：中小企業庁「持続化補助金の概要」

小規模事業者持続化補助金（一般型・通常枠）では、以下に該当する法人・個人事業主・特定非営利活動法人が対象です。以下の①～③の要件を全て満たす必要があります。

また、上記の要件を満たす場合でも、補助対象外となる条件があるため、申請を希望する場合は、募集要項をしっかりと読み込みましょう。

枠によって補助率・補助額は異なります。「一般型・通常枠」の場合の給付額は以下の通りです。

小規模事業者持続化補助金（一般型・通常枠）では、補助上限が50万円に設定されています。補助率は2/3であるため、例えば、システム開発の費用が300万円なら給付される小規模事業者持続化補助金は最大50万円（残り250万円を自己負担）、100万円なら補助金と自己負担分で折半となります。
また、「インボイス特例」や「賃金引上げ特例」の条件を満たすことで、更なる上乗せ金額を受け取ることができます。

2025年4月現在、募集されている小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第17回公募のスケジュールは以下の通りです。

また、一般型以外の型に関しても今年度の募集がスタートしているため、希望するものがある場合は合わせて比較検討しましょう。

出典：中小企業庁「持続化補助金＜通常枠＞」「小規模事業者持続化補助金について」

ウィズコロナ・ポストコロナの経済社会の変化に対応するために、事業再構築に前向きな中小企業を支援し、日本経済の構造転換を促すことを目的とした補助金です。「成長分野進出枠」と「コロナ回復加速化枠（最低賃金類型）」の2つの枠が用意されており、「成長分野進出枠」は更に「通常類型」「GX進出類型」とに分けられています。

対象となる全枠共通の必須要件は以下の3点です。

給付額は、申請する枠や型に加え、自社の従業員数等によっても異なります。

事業再構築補助金 第13回公募は、令和7年3月26日で締め切られており、2025年4月時点では、次の公募は開始さていません。検討している方は、小まめに公式サイトをチェックしましょう。

補助金申請は、以下のようなステップで進めていきます。

さまざまな募集があるため、自社の事業形態に合わせ選択をします。日本政府公式Webサイトの「ミラサポplus」から、閲覧や検索を行うことができます。

申請したい補助金を決定したら、申請に必要な書類の用意にとりかかりましょう。具体的には、応募申請書、事業計画書、経費明細書、事業要請書などです。  

申請書類の準備が整ったら、期日までに事務局に書類一式を提出します。
書面による郵送か電子申請かを選ぶことができますが、申請したい補助金によっても詳細は異なるため、公募要領をしっかり確認し進めましょう。

無事、申請が通り、採択されると通知が届きます。通知を受けたら「交付申請」を行いましょう。
交付申請が認められたら、ついに「交付決定（補助事業の開始）」です。

実際に申請した内容で事業を実施し、その事業内容や経費を申請します。
申請の確認が完了後、補助金額の確定・交付が行われます。

補助金を活用する際にいくつか注意点があります。おろそかにすると不採択につながる場合があるので注意しましょう。

補助金や助成金の支払いは基本的は後払いになります。支給のタイミングで多いのは補助事業を実施後の実績報告を行う時になります。
そのため、事業を行う段階では手元にある程度の資金を用意しておく必要があります。また、実績報告の段階で成果未達成の場合は補助金によっては支給が見送られる可能性もあるため、注意しましょう。

補助金は原則返す必要がないため、採択に厳しい審査基準を設けている場合があります。IT導入補助金は採択率は半数を超えていますが、事業再構築補助金やものづくり補助金は申請数の半分は不採択となっています。申請する補助金によっては採択は厳しい場合があることは頭に入れておきましょう。

補助の対象となるの申請した期間での経費になります。例えば、2024年4月1日～2024年8月1日までの開発期間の経費を申請していた場合はこの期間が対象となります。

期間前に発生していた経費は対象外で、期間後においても補助金によっては延長を認められない場合があるので注意が必要です。
また、期間外に発生した経費を月日を改ざんし期間内で申請することは、当然ながら不正行為とみなされます。補助金の全額返納など、重いペナルティがかせられるので、絶対に行わないようにしましょう。  

補助金について理解が深まったところで、補助金の申請にはそれなりの工数がかかってしまいます。
そこでおすすめなのが、補助金の申請をサポートしてくれるシステム開発です。ここからは、補助金の申請サポートしてくれる会社をご紹介します。

今回はシステム開発に利用できる補助金を取り上げ、それぞれの概要や給付額、申請スケジュールについてご紹介しました。できるだけコストを抑えながら、システム開発をしたい、業務システムを導入したいと考えている方の参考になれば幸いです。
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