アプリ運用代行サービスでおすすめのアプリ開発会社7選【2026年最新版】

「アプリの運用代行を依頼したいけど、どの会社が良いのかわからない……」
「アプリ運用代行を請け負っているアプリ開発会社を探すのが面倒！」

そんなお悩みをお持ちではありませんか？
このページでは、10万件以上の利用実績をもつ発注業者比較サービスアイミツが「費用」「プロモーションへの強み」「セキュリティ対策」を基準に、アプリ運用代行に強いおすすめのアプリ開発会社を厳選してご紹介しています。

そのほか、アプリ開発会社選びで失敗しないためのポイントなど、アプリ運用代行を依頼する前に知っておきたい知識・ポイントもまとめているので、ぜひご覧ください。

さらに、アイミツでは完全無料でアプリ開発会社の一括見積もり・比較も可能です！
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アプリ開発はリリースをして終了ではなく、開発後の運用・保守も大変重要です。

運用の役割はアプリの「オペレーション」と「監視」です。オペレーションにはアプリの起動、停止、バックアップ作成、出入力作業などが含まれます。さらに監視によって運転状況やシステムリソース、バッチジョブなどの状況を把握し、異常発見次第各所へ連絡します。

対して保守とは、適切にサービスを提供できないときや正常な動作できない場合に、プログラム・システム障害の原因究明・改修することを指します。エラーや不正アクセスなど、緊急トラブルの対応も保守の一環です。

適切な運用・保守のもとアプリを管理しないと、システムが停止したり、最悪の場合はデータが壊れる危険もあります。納品時に完璧に仕上げても、リリース後の想定外の不具合を完全に避けるのは困難です。アプリの価値を最大限に生かすためにも、改善を繰り返してブラッシュアップする必要があります。

しかし「自社でアプリ運用できる担当者がいない」「運用・保守といっても具体的に何をすればいいかわからない」という方も多いでしょう。そこでこの記事では、アプリ開発会社の中でも特に運用・保守に強い会社をご紹介します。ぜひ発注時の参考になさってください。

アプリの運用代行サービスの詳細も確認しておきましょう。

その名の通り、自社に代わってアプリの運用・保守してくれるサービスです。運用代行のみ請け負っている専門会社もありますが、ほとんどの場合はアプリの初期構築から開発後のサポートまでをワンストップで行います。

24時間365日体制でアプリを監視し、障害発生時の即時対応が可能です。品質管理のためのアップデートやデバッグ（バグの排除）も行う場合が多く、リリース前に各デバイスで動作検証してくれる会社もあります。中には、システムの整備に止まらず、アプリ内のテキスト校正や情報の整合性までチェックするサービスも。初めてアプリを開発・運用する方にとっては心強い存在となるでしょう。

はじめに、リーズナブルな価格でアプリ運用代行も依頼できるアプリ開発会社をご紹介します。

一般的に、アプリ開発では「作業人数（人件費）× 期間」によって算出される金額が開発費用です。つまり、納品までの工数が増えるほど費用は大きく膨らんでいくと言えるでしょう。

「機能を充実させたいけどなるべく開発費用は抑えたい」「質も費用も妥協できない」という方は、自社にぴったりな発注先を探すのに時間がかかってしまうかもしれません。

ここから、プロモーションに定評があるアプリ運用代行対応のアプリ開発会社をご紹介します。

アプリは開発すればそれで終わりというわけではありません。せっかく開発したアプリが埋もれてしまわないためにも、開発後の宣伝は重要です。

開発だけでなく宣伝や利用促進もサポートしてくれる会社であれば、安心して開発を依頼することができるでしょう。

ここから、セキュリティ対策に定評があるアプリ運用代行対応のアプリ開発会社をご紹介します。

勤怠管理アプリや在庫管理アプリなど、「業務効率化のためにアプリケーションを導入したい」と考えている方は多いのではないでしょうか。

そして、業務で利用するアプリで妥協できない点はやはりセキュリティ。セキュリティ対策に定評があるアプリ開発会社なら、開発から運用まで安心して依頼できるでしょう。

運用・保守対応のほか、リリース後にはサーバーの管理からコンテンツ更新などさまざまな作業が発生します。発注前にそれぞれどのくらい費用がかかるかも確認しておきましょう。

先述した通り、ユーザーに快適な環境でアプリを利用してもらうには、適切な運用・保守が不可欠です。特にスマホアプリの場合は、OSのアップデートに際して不具合が生じる場合があるため、同じタイミングでのアプリ更新は必須。このアップデート対応に費用がかかります。

また、突発的なバグやトラブルが発生した場合にも迅速に対応しなければなりません。開発を担当した会社にそのまま保守を依頼するケースがほとんどです。

ユーザーにアプリを継続的に利用してもらうためには、ニーズに合わせたコンテンツ・機能をアップデートが欠かせません。時には大規模な改修が必要な場合もあるでしょう。決して一度で終わる作業ではないので、対応にあたってランニングコストがかかります。コンテンツの内容によって費用は変わりますが、1機能ごとに数万円～が相場です。

Webアプリケーションを運用する場合に必ずかかるのがサーバーの費用。一般的にユーザー数や通信量に比例して高くなります。大規模利用になるほど費用がかさむので、ランニングコストがどの程度かかるのか事前に確認しておきましょう。

月額1,000円程度で利用できるものから数万円程度のものまで費用に幅があるので、開発するアプリの規模とサーバーのスペックを比較し費用対効果に重点をおいて検討するとベストです。また、サーバーを利用する場合は別途ドメイン代もかかります。

前見出しでアプリ運用後のコストについてもお伝えしましたが、アプリ運用代行サービスの費用相場は下記の通りです。

・サーバー費用：1,000円～数万円/月
・ドメイン費用：数百円～数十万円/年
・OSアップデート対応費用：アップデート内容ごとに異なる
・保守対応費用：10万円～/月
・コンテンツ・機能追加費用：数万円～（1機能ごと）

運用代行サービスに依頼した場合もサーバー・ドメイン費用は自社で負担しなければなりません。OSアップデートに際しての更新は、アップデート内容によっては費用が変動します。対応OSが多くなるほど費用がかさむので注意しましょう。保守対応に関しては、会社ごとに費用が異なりますが月額10万円～が相場です。コンテンツ・機能追加に関しても、内容によって金額が変わりますが1つの機能につき数万円程度を目安として見積もっておきましょう。

アプリ開発には、要件定義から運用までを見据えた一定の投資が必要であり、中小企業やスタートアップにとっては初期費用が導入の障壁になりがちです。その負担を軽減する手段が、国や自治体の補助金制度といえるでしょう。活用すれば数十万〜数百万円規模でコスト削減が見込めます。

本記事では、アプリ開発に活用できる補助金を4つ厳選して紹介します。申請は契約前が原則のため、要件やスケジュールを事前に確認してください。

ものづくり補助金は、革新的なサービス開発や試作品開発、生産プロセスの改善に向けた設備投資などを支援する補助金です。中小企業や小規模事業者、個人事業主が対象となっています。

製品・サービス高付加価値化枠（通常枠）の場合、従業員数5人以下で100万円～750万円、従業員数51人以上の場合は2,500万円を上限に補助を受けることが可能。ほかにも、海外事業を通じて国内生産性向上を図るための投資を支援するグローバル枠の場合、3,000万円が補助上限額となっています。
どちらの枠も、補助率は中小企業1/2、小規模企業・小規模事業者及び再生事業者2/3です。

※公募回数は年2～3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：全国中小企業団体中央会「ものづくり補助金総合サイト」

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者を対象にITツールやAIの導入によって業務効率化・生産性向上・DX推進を図るための補助金制度です。アプリ開発においては、ノーコード・ローコードのビジネスアプリ作成ツールやクラウドサービスの導入費が該当します。そのためアプリを一から開発するフルスクラッチ開発や受託開発費は原則対象外です。

通常枠では、ITツール導入に加え、クラウド利用料（最大2年分）や導入支援費用が補助対象となります。補助額はITツールの業務プロセス数に応じて変動し、1〜3プロセスで5万〜150万円、4プロセス以上で150万円〜450万円が目安です。補助率は中小企業で1/2、最低賃金近傍の事業者は2/3となります。

※公募回数は年6〜8回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金」

小規模事業者持続化補助金は全国商工会連合会が運営する補助金で、販路開拓や業務効率化への取組みにかかる経費の一部を補助するものです。新規顧客の獲得を目的とした公式アプリの開発などが該当します。対象者は、中小企業の中でも「小規模」に該当する事業者（個人事業主含む）で、従業員数など一定の要件を満たす必要があります。

通常枠の補助上限は50万円で補助率は原則2/3です。なおアプリ開発などは「ウェブサイト関連費」として扱われ、補助金交付申請額全体の1/4が上限となります。また、インボイス特例の要件を満たす場合は補助上限が50万円上乗せ、賃金引上げ特例対象事業者は150万円の上乗せといった条件も用意されています。

※公募回数は年2回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 公募要領

中小企業新事業進出補助金は、既存事業とは異なる新商品・新サービスや新たな販路への進出を支援するものです。対象者は中小企業者・小規模事業者で、創業1年未満や従業員0名、みなし大企業等は対象外となります。アプリ開発との相性が良い補助金であり、新規事業の中核となるWebアプリ・スマホアプリ・SaaSの開発費用については、要件を満たせば補助対象となります。

補助上限額については従業員規模に応じてが異なり、従業員20人以下で最大2,500万円（賃上げを実現できそうであれば特例で3,000万円）、21〜50人で最大4,000万円（同5,000万円）、51〜100人で最大5,500万円（同7,000万円）、101人以上で最大7,000万円（同9,000万円）までの補助を受けられます。補助率は原則1/2で、賃上げを行う場合は2/3です。

※公募回数は年3回程度（2026年4月21日時点の情報）

出典：独立行政法人 中小企業基盤整備機構「中小企業新事業進出補助金」

⇩補助金について、さらに詳しい情報を知りたい方は以下の記事をご覧ください。

補助金を活用するうえで重要なのは、規定に沿った正確な申請を行うことです。不備や記載漏れがあると不採択となり、想定していた予算を確保できず、アプリ開発自体が進まないリスクがあります。

また、申請は書類や記入項目が多く、スケジュール管理が不十分だと期限超過で機会を逃す可能性もあるでしょう。一度逃すと数ヶ月待つ必要があります。

「PRONIアイミツ」では申請に強いアプリ開発会社を無料で紹介しています。スムーズに進めたい方はご相談ください。

最後に、アプリ運用代行サービスの会社選びで失敗しないためのポイントを3つご紹介します。

・対応可能な業務範囲を確認する
運用・保守の内容について先述しましたが、会社によって業務範囲は異なります。自社の望む領域・作業までカバーしてくれるかどうかを事前に確認しておきましょう。「対応してくれると思ったらサービス範囲外だと言われた」などの契約後のトラブル防止につながります。運用代行サービスの実態は開発後にならないと見えにくいもの。だからこそ、検討段階でしっかりチェックする必要があります。

・開発後の運用費用まで確認する
アプリ開発の際は、どうしても開発費に目がいきがちです。しかし、リリース後の運用費用の確認も忘れてはいけません。費用相場については先述しましたが、会社によって料金設定は異なります。見積もりを取り寄せ、サービス内容と合わせてしっかりチェックしましょう。

・複数の会社を比較する
業務範囲、費用を確認する際には、必ず複数社の見積もりを取り寄せましょう。「有名な会社だから」「費用が安いから」と簡単な理由で発注先を決めるのは危険です。自社にとって必要な運用代行サービスを提供しているか、ランニングコストが予算に見合うかを比較しましょう。運用まで依頼すると長期間にわたってのパートナーとなるため、打ち合わせ時に丁寧に対応してくれるかどうかもチェックしておきたいポイントです。