税務調査対策にかかる費用相場まとめ【2025年最新版】

国税局や税務署の所員が会社を訪れ、財務状況と照らし合わせて法人税や消費税の申告に不備がないかチェックする税務調査。

一般的に年間売上高5,000万円以上の会社が対象となると言われ、利益が急増していたり、消費税の還付を受けていたりする場合などに調査が行われることが多いようです。毎年全国の法人の約6％が税務調査を受けています。

調査を行なう旨の通知から実際の調査日までは2週間程度の猶予があり、ある日突然抜き打ちされるケースはないものの、税務調査に適切に対応するためには、決算書・申告書のチェックなど相応の準備が必要となります。

また、当然ながら調査官は税務会計のプロフェッショナル。質問の意図を理解できず誤解を生じさせてしまうようなことがあれば、調査が長期にわたって行われ業務に支障をきたしたり、本来回避できた追加分の税金を支払わざる得なくなったりすることも少なくありません。

そういった点でやはり、税務調査対応は信頼できる税理士に任せたいもの。この記事では税務調査対応にかかる費用の相場や、税理士選びのポイントなどについて詳しく解説していきます。

まずはじめに、税務調査対策にかかる費用の算出方法からチェックしていきましょう。

事業者の側から見ると、税務調査は大きく3つのプロセスに分けられます。

最初のステップとなるのは、税務署に提出した書類を再確認したり、当日想定される質問への受け答えをシミュレーションしたりする事前準備。次が調査当日の立ち合い。3つめが調査によって見つかった不備に対する修正申告です。

いずれも事業主と税理士が連携をとり合って進める必要があり、それぞれのプロセスで税理士に支払う報酬＋雑費（交通費など）が、税務調査対応にかかるトータルの費用となります。

また、税務調査は税理士自身が対応するため、アシスタントスタッフがカバーできる記帳代行や給与計算と比べると単価がやや高めです。

続けて、それぞれのプロセスに具体的にどれくらいの税理士報酬が発生するのか見ていきましょう。

税理士がオフィスを訪れ、申告書の控えや会計帳簿、そのもととなる領収書・伝票などをチェックします。この段階で申告の不備が見つかることも多く、それにあわせて調査当日に想定される質問へのシミュレーションまで行なうのが一般的です。

費用の相場は1日あたり4万円～6万円ほど（＋税理士の交通費などの実費）。売上規模が大きかったり、仕訳の数が多かったりする場合は事前準備に2日以上要することもあるため、税理士がスムーズにチェックできるよう書類はしっかり整理しておきましょう。

国税局・税務署などの調査官を迎え入れ、各種書類を開示するとともに質問に答えます。

立ち合いにかかる税理士報酬の一般的な相場は、1日あたり4万円～6万円前後。調査は通常2日間前後におさまることが多いようですが、調査官の指摘にきちんと答えられなかったり、意図的な不正が見つかったりすると、1ヵ月以上にわたって長引くこともあります。

そうなった場合、税理士事務所によっては報酬を割引してくれるところも。また、あらかじめ数日間にわたって調査が続くことを前提に、1日あたりの単価を下げている税理士もいます。

税務調査で何らかの不備が見つかり、本来収めるべき税金（法人税・消費税など）が納められていない場合、修正申告書を作成することになります（※逆に税金を払い過ぎている場合は、還付を求める請求書を作成）

費用は修正する項目の数などによって変わってきますが、一般的な相場として8万円～20万円前後。修正申告が複数の決算期にわたると、その分だけ料金は高くなります。また、法人税、消費税など税の種類別に個別の料金を設定している税理士事務所もあるようです。

事前準備や調査立ち合いにかかる税理士の交通費・滞在費などはクライアント側の負担となるので注意しましょう。また、税務調査の内容や課税処分に納得がいかず、税務署に対して不服申し立てや再調査の依頼を行う場合、その分の追加費用が発生します。

金額は税理士事務所の料金体系や申し立ての内容によってさまざまですが、一般的には着手金＋成功報酬（課税が取り消された金額の1％～3％前後）という形をとることが多いようです。

次に売上高と依頼内容別の費用相場についてご紹介します。

年商数千万円程度までの規模の会社であれば、意図的な不正をしていない限り、調査官のチェック事項も通常の税務調査の範疇に収まることがほとんど。事前準備に1日、税務調査に2日～3日程度という流れになることが多いようです。

この場合、費用の相場としては12万円～18万円前後（内訳　税理士との事前準備：1日4万円前後、当日の調査立ち合い：4万円前後×2～3日）となります。

売上が大きくなってくると仕訳が増え、事前準備にはおのずと時間がかかるもの。また、業態によっては節税対策なども複雑になり、税務調査自体も長引くケースが多くなってきます。

仮に売上2～3億円の会社が税理士に事前準備と調査当日の立ち合いを依頼し、調査後に修正申告が必要となった場合、費用の相場は45万円～55万円前後（内訳　事前準備：1日5万円前後×2日、税務調査立ち合い：1日5万円前後×4日～5日、修正申告：15万円～20万円前後）。

また、「見落としがちな費用」でもふれたとおり、不服申し立てや再調査の依頼をするとさらに追加費用がかかります。

関連する費用事例です。様々な企業の実績をベースに費用事例として紹介しておりますのでぜひご覧ください。

税務調査対応の料金はおおむね上記の表の範囲内で、税理士事務所によってそれほど大きな違いはありません。ただし、代表が元国税調査官などの経歴を持ち、税務調査対応を専門的に手がける税理士事務所の場合、やや料金が高い傾向はあるようです。

できるだけ費用を抑えるためには、申告書の控えや領収書をきちんと整理し、すぐ取り出せるようにしておくこと。事前準備・当日の調査ともにスムーズに行えるようになり、結果的にコスト負担は軽減されます。

また、調査以前の心がけとして、日ごろから過度な節税意識な持たないことも大切なポイントです。納税額を抑えようできる限り経費で落とそうとした結果、不自然な金額の計上があれば、当然税務署の目につきやすく、調査自体も長引くことが多くなります。

税務調査対応について、実際の料金表を公開している3つの税理士事務所を見つけたのでご紹介します。

最後に税理士に税務調査対応を依頼する際の3つのポイントについてご紹介します。

税務のプロフェッショナルである税理士とはいえ、得意分野は人それぞれ。なかには記帳代行や給与計算をメイン業務とし、税務調査はそれほど得意でない税理士もいます。

逆に元国税調査官などの経歴を持っている税理士なら、税務署が目をつけるポイントや調査当日の質疑の流れも熟知しており、結果的に追徴課税を回避できるケースも多くなるのではないでしょうか。

百戦錬磨の調査官を納得させるためには、税制の知識はもちろん、折衝力・コミュニケーション力も大切なポイントです。実際に会って話してみて安心感を得られない税理士や、話し方や人となりから説得力・論理性を感じられない税理士は避けた方がいいと思います。

今回ご紹介した内容が、税務調査対応に悩んでいる方の一助になれば幸いです。最後まで読んでいただきありがとうございました。