税務調査とは｜流れや把握しておくべきポイントを徹底解説【2024年最新版】

事業を継続する限り、「税務調査」の通知が届く可能性はゼロとは言えません。中には「具体的にはなにを調査するのかわからない」「いざという時のために概要を把握しておきたい」という方もいるのではないでしょうか。
この記事では税務調査の概要から調査対象になりやすい企業、調査の流れ、調査の科目や調査に備えて意識しておきたいポイントまでを一挙に解説します。税務調査に関する基礎知識を身につけたいという方や、税務調査への備えをしておきたいという方は、ぜひ参考にしてください。

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税務調査とは「納税者が正しく税務申告を行っているか・不正行為がないか」を調査することで、国税庁や国税局、国税事務所、税務署などによって行われています。法人税・所得税といった日本国内で納付される税金の大半は納税者が自身で申告・納税する制度が採用されているため、ミスや不正が生じる可能性がゼロではありません。税務調査ではこれらのミスや不正を発見・是正することを目的に実施されるものです。
毎年一定割合の法人・個人が税務調査を受けており、法人の場合は5〜10年に一度は調査対象になる可能性があると言われています。

「税務調査ではどんなことを聞かれるのか気になる」という方も多いのではないでしょうか。税務調査間は代表者への質問に関する専用シートを保有しており、その内容にそって調査を進めていきます。つまり、税務調査における質問はある程度テンプレート化されていると考えられます。主な質問内容は以下のとおりです。
・事業内容、業務内容
・創業経緯、起業理由
・開業時期、移転時期
・経営者の家族構成、従業員
・取引先、請求、決済手段
・取引銀行、個人借入
・家賃、記帳、経費・領収書、申告状況
・給与、役員報酬
質問には確定申告書の添付書類「事業概況書」の内容が多く含まれています。税務調査の通知が届いた際にはすぐに確認しておくことで、質問内容をある程度推測することができるでしょう。

税務調査が行われる時期は特に定められていませんが、毎年2〜3月の確定申告の提出期間から申告・決算の処理を行う6月ごろまでは税務署や税理士、企業の経理担当の繁忙期のため、税務調査の件数は少なくなる傾向にあるとされています。7月ごろからは税務署内で税務調査を目的とした人事異動が進められると税務調査件数も増加し、準備・体制の整う9〜11月には税務調査もピークを迎えますが、12月以降はふたたび年末年始の繁忙期を迎えるため件数も減少します。
一般的に税務調査は下半期に集中しやすいとされていますが、上半期にも調査は行われているため通知が届く可能性はゼロではありません。「いつ調査対象になるかわからない」点を留意の上で、備えておくとよいでしょう。

税務著によって行われる税務調査は、「任意調査」と「強制調査」に大きく分かれます。両者は調査の目的や性質が大きく異なるため、それぞれの概要や違いを正しく理解しておくことが大切です。ここからは、任意調査と強制調査の概要を解説していきます。

任意調査とは対象者の合意のもとで行われる税務調査のことで、「所得が正しく申告されているか」「申告内容に誤りがないか」の確認・是正を目的に行われています。名称には「任意」とあるものの、税務職員は納税者へ税金に対する質問ができる「質問検査権」を有しており、黙秘・拒否が認められていないため実質的には強制調査と変わりありません。質問検査権の権力は非常に強く、正当な理由のない拒否や虚偽の報告は罰則の対象となるケースも。また、任意調査は事前に予告される「事前予告調査」と予告なしに行われる「無予告調査」の2種類に分かれます。

強制調査は国税局査察部が国税犯則取締法にもとづいて強制的に行う税務調査を指すものです。巨額の脱税・悪質な脱税を行っている納税者の告発を目的とした犯罪捜査であることが大きな特徴としてあげられます。国税局査察部には納税者の資料を押収する権限があり、裁判所の令状を得て調査が行われるため対象者は拒否することができません。任意調査のように事前通知もなく、一方的に調査が行われます。
強制捜査の末に脱税行為が発覚した場合は、対象者は検察庁へ告発され刑事事件として扱われることに。強制調査の告発率は非常に高く、対象者の大半が有罪判決を受けることとなります。

税務調査の対象となる企業について厳密な基準が定められているわけではありません。しかし、税務署も効率よく税金を徴収する必要があるため、調査対象になりやすい企業の傾向というのは存在しているようです。
・過去の調査で不正を指摘された企業
・利益が通常よりも低い企業
・勘定科目に大きな変動があった企業
上記のような状況にある企業は「不正を行っている可能性が高い」とみなされることから、税務調査の対象になりやすいとされています。ここからは、それぞれの特徴について解説していきます。

過去に税務調査で不正を指摘された企業はその後の申告に対する信頼性が著しく低下しているため、税務調査の対象になりやすい傾向にあります。再発の疑いを持たれているだけでなく、「過去に指摘・指導した事項が遵守されているか」「税務処理が改善されているか」を確認するという意味合いも含まれているようです。
期間としては、過去に不正を指摘されたことのある企業には3〜5年以内に再度税務調査が入る可能性が高いとされています。また、不正の指摘を受けた企業と取引のある企業も不正への関与を疑われ、税務調査の対象になることがあるようです。

国税局・税務署では「国税総合総合管理システム（KSKシステム）」を用いて納税者のデータを一元管理しています。その中に「売上・利益が通常よりも低い状態が続いている企業」や「利益が極端に低い企業」は、売上・利益を捜査して税金逃れをしていると疑われ、税務調査の対象となるケースが多くあるようです。
特に前年比で利益が極端に上下した企業や、消費税の申告義務のボーダーである1,000万円以下に売上が抑えられている企業などは選ばれやすいとされています。税務署はKSKシステムを通じて業界・業種の平均水準をハックしているため、そこから外れたデータは疑われやすいということを認識しておきましょう。

売上・利益だけでなく経費が急激に増えた企業も、不正に経費を形状して納税額を減らしている可能性を疑われることから、税務調査の対象になりやすい傾向にあります。特に経費水増しの対象となりやすい人件費や交際費、広告宣伝費、役員報酬といった勘定科目に大きな変動のある企業は、税務署から疑われることが多いようです。
税務署ではKSKシステムによる異常検知だけでなく税務職員によるチェックも行っているため、不自然な経費・極端な経費は税務調査の候補になりやすいということを意識しておきましょう。

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税務調査は、一般的に以下の流れで行われます。
①税務署から事前通知が入る
②税務調査の開始
③調査結果の連絡を受ける
④修正申告署の作成
税務調査はすべての企業が対象となるため、自社が調査対象となった際に慌てないように流れを把握しておくことが大切です。ここからは、税務調査における各プロセスの概要を解説していきます。

税務調査が行われる際には、事前に税務署の担当調査官から電話で「調査の日時・場所・目的」などが通知されます。日程は調整も可能なので、通知を受けた時点で即答する必要はありません。しかし、事前通知によって正確な調査・事実確認が困難になると判断された場合は、通知なく税務調査が行われることもあるようです。
なお、税理士と顧問契約を締結しており、確定申告所に添付する税務代理権限証書の「調査の通知に関する同意」にチェックを入れている場合は、顧問税理士に事前通知が届きます。

税務署と調整のもとで決定した日時に、調査官がオフィスや店舗を訪れて「臨場調査」が行われます。臨場調査は、一般的に以下のスケジュールで実施されます。
1日目午前：経営者へ取引状況・会社概要などに関するヒアリング
1日目午後：各種書類を確認しながら売上・利益・経費などについて調査
2日目午前～午後：調査官が調査上の疑問点について経営者と対話しながら税務否認を模索
2日目夕方以降：税務調査結果・今後の調査の方向性を査官と経営者が対話
2日間にわたる調査期間中は担当調査官からの質問への回答をはじめとする対応が求められるため、経営者と財務部門の責任者のスケジュールを確保しておきましょう。

臨場調査の完了から約1ヵ月後に、税務調査の結果に関する連絡があります。担当調査官が臨場調査で収集した資料・情報を分析し、問題なければ申告是認となり税務調査が無事に終了。指摘事項がある場合は顧問税理士のもとへ税務署が連絡し、税理士は税務署の主張に対して交渉・折衝を繰り返しながら修正申告書の作成を進めます。税務著から修正申告を求められた場合は、税理士の交渉・折衝スキルによって結果が大きく左右されるため、実力ある税理士と顧問契約を締結しておくことが大切です。
「調査結果に納得ができない」という場合は、修正申告を行わずに税務署の更生を待つというのも選択肢の1つ。更生の結果にも納得できなければ、裁判で税務署と争うこととなります。

税務署と税理士による調整のもと、両者が内容に合意したら修正申告書を作成します。調査官から指摘を受けたあとの修正申告は不足分の税額や延滞税、加算税、重加算税などの追徴課税を加味して作成する必要があり、翌年の申告にも影響が及ぶため通常の申告書よりも作成に多くの時間・手間がかかることを覚悟しなければなりません。
修正申告を済ませたら、申告書に記載した追徴課税を納付します。納付は原則で一括とされていますが、困難な場合は税務署との折衝によって分割納付が認められるケースもあるようです。

ここからは、税務署の担当調査官がチェックする科目について解説していきます。
・売上
脱税の手段は売上除外、経費水増しのいずれかのため、売上はもっとも重視され必ず確認される科目です。売上の形状漏れや計上時期、過少申告などの可能性を探るため、帳簿や銀行口座の動向、対話を通じて得た情報から多角的に調査が行われます。
・仕入
架空仕入は経費水増しによる脱税の要因となることから、必ず確認される科目です。架空仕入の有無はもちろん、仕入計上時期の前後も厳格に調査されます。
・棚卸資産
棚卸資産は課税所得に大きく影響するため不正が行われやすく、不正があった際の金額も大きいことから入念に確認される科目です。評価方法や計上もれの有無、実地棚卸の有無などに関して調査が行われます。
・交際費
「事業と無関係の交際費が計上されていないか」「課税所得を減らすために交際費をほかの科目に計上していないか」などに関する調査が行われます。交際費の水増しは多く見られるケースであるため、必ず対象になる部分と考えておくとよいでしょう。
・人件費
架空の人件費計上や過大な役員報酬、源泉徴収もれなど不正が行われやすい部分に対して、従業員名簿やタイムカードによる実態把握や各種届け出の有無に関する調査が実施されます。
不正の見つかりやすい科目や、不正が発覚した際の金額が大きい科目から優先的に確認されるのが一般的とされています。

税務調査の通知が届いた際に慌てずに調査に対応するためには、意識しておくべきポイントがあります。担当調査官に不必要に疑われたり、つけ込まれることなく調査を終えるためにも事前に把握しておくことが大切です。ここからは、それぞれのポイントについて解説していきます。

税務調査は税務処理の状況を把握するために、原則として帳簿類を確認しながら行われるものです。調査官にスムーズに調査を進めてもらうためにも、売上や仕入、経費に関する書類はあらかじめ整理しておきましょう。これらの書類は3年分を揃えておくことが一般的とされています。
必要書類に抜け漏れや不備があると、疑いを持たれることや税務調査が難航する要因となってしまうため、必ず事前に準備しておくようにしてください。

税務調査官は、何気ない雑談からも不正の手がかりを得ようとしてくるものです。自社の税務処理とは無関係の会話であったとしても、余計なことは伝えずに端的・事務的に回答することを意識しましょう。会話の流れでうっかり余計なことを言ってしまった場合は、税務調査のリスクを高める場合もあるので細心の注意を払う必要があります。
税務調査官の目的は「より多くの不正を見つけ、税金を徴収すること」だというのを忘れずに対応することが大切です。

税務調査の経験のない人がプロの調査官に適切に対応するのは容易ではありません。そこで重要となるのが、同じく税金のプロフェッショナルである税理士への立ち合い依頼です。税理士と事前に打ち合わせや準備を進めておけば、万全の体制で税務調査へ臨めるのはもちろん、調査官の質問に対してもスピーディーかつ適切な回答が期待できます。不当な要求や執拗な追及があった際にも、毅然と対処してくれるでしょう。
税理士の立ち合いの有無によって税務調査の結果が変わることもあるため、税務調査の通知を受けたら税理士のスケジュールを確保してください。

税務調査の対象は税務署によって決定されるため、すべての企業が対象になる可能性があります。税務調査を確実に回避する方法はないので、万が一調査対象になった際にも問題のない体制を構築しておくことが重要です。しかし、税務調査は専門の調査官によって行われるため、税務調査の経験や知識を持たない従業員だけで対応するのは困難。リスクを抑えながらスムーズに調査を終えるためには、税務の専門家である税理士に立ち合いを依頼することをおすすめします。
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